以前的几次改编都是千人规模的，这一次却是要整编将近20000人，对大勇这个锦州副将是前所未有的一次考验。
怎么整编，用什么军制编是个叫人头疼的事情。
降将们为讨好大勇，建议他采用孙元化的火器新军制，理由很充分，他们麾下那15000人大多数人都是铳兵，有5000多人更是孙元化一手编练出来的，对于火器的使用已经很熟练，于其让他们放弃火器改用刀剑，倒不如发挥他们所长。耿仲明、李忠辅是这个提议的支持者，因为如果大勇采纳火器新军制，他们这些原火器军的军官肯定会得到重用。
向宠、高怀等人却是建议大勇从15000人选几千精锐扩充亲兵营，其他的则分散到锦州军现有营头。这个观点显然是受大明军将麾下能战之兵皆是亲兵的缘故。持这一观点的降将虽也有两三个出身火器新军，但大部分人却是东江出身，对火器并不看重，认为火器在战场上的杀伤效果并不大，且质量太差，不如刀剑弓箭长矛来得有用。
嫡系将领中，曹变蛟只关心狼骑军的建设，对步军营头如何改编并不关心，蒋万里他们的意见也在这两者当中，并无其他可供大勇参考的意见，所以如何选择就成了大勇一人之事。
身为穿越者，对火器的威力肯定印象深刻，因此两种观点，大勇倾向于前者，在做决定前，他特意叫人调来当初孙元化编军的一些规章制度以作进一步了解。
当初孙元化编练新军是弃了卫所制改用营制，一营4000人，其中战兵2000人，辅兵2000人，配有双轮车120辆，炮车120辆，粮车60辆，共300辆，武器装备则是一营有西洋炮16门、中炮80门、鹰铳100支、鸟铳1200支，炮手还配备手铳。
看到这个配置时，大勇还心生感慨，这jūn_duì 的编制十分的熟悉，可以说就是一支火器化加“摩托化”的现代军团。以这支jūn_duì 的强大火力，若不是出了孔有德叛乱，用在关外战场上还真是难说明金双方鹿死谁手。
可惜，真是太可惜了，真不知道是天要亡明还是大明汉家江山真的气数已尽，竟然出了孔有德之乱，让这重金打造的强大军团胎死腹中，否则历史或许会重新书写。
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可供大勇整编的除了那15000叛军中的战兵，还有3000多从平度带回的青壮俘虏，这些人算是半战兵性质，之所以没有将他们转为屯田军户，是因为大勇认为他们在随军行动的过程中表现得十分服从，因此可以放心的加以使用。他却是不知，这些人对锦州军的服从不是因为对官军的畏惧，而是对同伴被宰杀的恐惧，更是因为他们也吃了人肉的缘故。
除此之外就是锦州本军，划去狼骑兵和一小部分轻骑也有3000人。如此加在一块便是21000多人，可谓兵强马壮了。
在改编步军营头之前，大勇先扩充了狼骑军，在原有1200人的基础上增加了1300名挑选出来懂得骑术或稍懂的士兵，西征莱州时又相继缴获了数百匹战马，另外还从京营林清和杨御蕃手中买了三百多匹蒙古战马。这样军中的战马数量就达到了2000多匹，基本上可以保证人手一匹。
大勇还想多买些战马，可林清和杨御蕃手中也没那么多战马可卖，这三百多匹着实是被银子迷了心窍才偷偷卖给大勇的，要他们把手中的战马一次卖个精光肯定是没那个胆的。就这三百多匹还要手下师爷做几次帐，往上报几次与叛军作战的经过才能交待过去。
没有战马，那就买拉车的驮马，只要是马，大勇就不嫌多。
登莱之地战马确是没有，但拉车的马那却是多了去，大户人家哪家没有几匹马车，老百姓出远门哪个不坐马车，别的地方或许遭了兵灾，马车都被叛军搜刮光，这莱州城中只要你舍得给银子，还是能买到几百匹的，加上大勇前后缴获的驮马，军中的驮马数量和战马差不多，也有2000多匹。若不是耕牛要用来犁地，只怕锦州军中的牛车也能有好几百辆。