对待蒙古就不能像建奴那样要么诛杀要么俘虏带到其他地方做苦役了，因为一来他们所占据的土地大多都不适合做耕地，很难吸引关内的移民填充，就算将他们全部迁走，还是会有其他地方的蛮族来占据他们留下的土地，继续骚扰大明的边镇；二来如今的蒙古骑兵早已不复当初成吉思汗时的实力，而且各部落之间彼此厮杀不断，早就成了一盘散。，他们并没有能力给大明制造多少麻烦。
所以，李悠的计划是用军事、经济、政治等多种手段来加强对大漠的统治，先在各处战略要地筑城，建立城堡以驻军，再在周围展开屯田以节约开支，以军事力量镇压诸部，让他们不敢反抗，同时维护商路的通畅和商人的安全。
与此同时，在靠近大漠的几座城池建造各种农牧产品加工工坊，用来将草原上盛产的羊毛、羊肉、牛皮、牛肉等物加工成畅销产品销往各地，用经济手段来对草原进行控制；然后在各处城堡的外围建立商栈用来收购蒙古人的产出，销售他们日常所需的茶叶、盐等物品，将他们的日常生活和商路的通畅捆绑在一起，将蒙古草原纳入到大明的经济圈之内，等这里所有的人都要依靠和中原的交易来换取需要的商品时，他们就再也无法摆脱大明的控制了。
当然，李悠还会在城堡外面建立学堂，官府衙门，学堂用来教导那些部落贵人们的子弟，将来如果没有完成学堂的学业，他们就没有资格继承父兄的地位，然后用大明文化的优越性将他们慢慢同化；官府则用来维持当地秩序，慢慢和那些部落贵人争夺权力，并最终将这些地方变成大明官府的直接管辖地。
此外，李悠还打算引进中原的宗教来和密宗、萨满教等争夺信徒，所以他也会在城堡周围建立一些寺庙道观，让那些僧侣和道人以此为基础，广泛吸纳信徒。
在逐渐荡平了林丹汗的残余势力之后，李悠开始分配任务，他将刚刚打下的草原分成几个都护府，让曹变蛟、李自成、张献忠等年轻将领充当都护，并对蒙古草原上的势力范围进行了重新划分，靠近城堡、拥有肥美草场的土地被划给了那些临阵倒戈的部落，而更远一些，较为一般的草场被划分给很快就屈膝投降的部落，至于少数负隅顽抗的部落，则只能分到最为贫瘠的草场，或许用了多久，他们就会被其他部落彻底吞并。
虽然大多数俘虏都被放归，但林丹汗的亲信部落却不能轻易饶恕，这些人将负责蒙古草原通往中原的大道、还有各处城堡的修筑，大明此前在修筑宁锦防线的过程中积累了丰富的经验，再加上李悠又融入了西方棱堡的长处，等城堡修好以后，只需数千兵马驻守，就可牢牢控制住广袤的土地。
等安排完这些事情，将蒙古草原的东部留给曹变蛟、李自成等人处置，李悠则带领着卢象升、曹文诏、满桂等人继续向西方攻去，在哪里还有卫拉特蒙古没有消灭，他们因为和林丹汗的仇恨，所以没有参加这次的联军，倒是让他们暂时躲过一劫。