参照政府还是参照公司建立组织架构，有那么一瞬间，周吉考虑过前者，但他很快就打消了念头，步子太大容易扯着蛋，现在想这些还太早，没必要过早暴露自己的野心。最终他建议成立一个私人军事公司，全面整合避难所的人力物力，以熙辰大厦为基地，打造“末日堡垒”，对抗“寄生种”的威胁，求生存，求发展。这个提议早就吹过风，荀冶和宋骐都有心理准备，无须再讨论，一致通过。
他们争论的焦点在于公司的管理模式。
宋骐在泗水大学读的专业就是工商管理，虽然不怎么用心，公共课低空掠过，专业课掠过低空，好歹没有挂科，讲起来头头是道，颇有些“挥斥方遒”的风采。他提出采用分权的矩阵制组织结构，洋洋洒洒说了一大通，然而在荀冶看来，他的议论只是“纸上谈兵”，一个连企业都没见习过的人，有什么资格谈组织架构，只会栽进理论与实践的鸿沟里，不摔个鼻青脸肿爬不出来！
荀冶脸上不动声色，心里却着实瞧不起宋骐，但他却不敢瞧不起周吉，因此当周吉抛出一个框架时，他慎重考虑，投了赞成票，同意在此基础上进一步细化。周吉的方案主体设计来自阮静，经过他斟酌修改，虽然很粗糙，但针对避难所的现状，很接地气，具备一定的操作性。
他建议采用集权的职能制组织架构，从上到下分三层管理，上层是董事会，董事长董事兼执行董事和总裁副总裁，中层包括人力、财务、行政、后勤、安保等部门经理，基层设主管、专员、队长、顾问等职位，部门经理由董事会指派，基层职位由部门经理推荐，经董事会合议通过，聘任上岗。
三驾马车，五个部门经理，若干基层管理者，加起来不过二十人左右的管理层，船小好调头，试运营一段时间，再逐步调整优化，这是个谨慎可行的方案。当荀冶投出赞同票，宋骐的态度已无关大局，他也只能“见风使舵”，不再坚持自己的意见。
三位大佬连着开了两天会，确定周吉任董事长，分管安保，荀冶任董事、执行董事兼总裁，分管人力和财务，宋骐任董事、执行董事兼副总裁，分管行政和后勤。人力部门负责建档、选拔、培训、聘用、考核等工作，财务部门负责货币、物价、预算、薪酬、账务等工作，行政部门负责工程、调度、配给、福利、归档等工作，后勤部门负责采购、运输、仓储、衣食、保洁等工作。虽然有不尽人意之处，但考虑到草创之初，过渡时期，只能摸着石头过河，走一步看一步了。