大蛇丸与木叶高层志村团藏一直保持着利益合作关系。
研究木遁 研究柱间细胞 木叶高层曾试图在自愿成为试验体的成年人身上进行的柱间细胞移植试验，试图培养出能使用木遁的使用者，然而却不断失败，增加不少牺牲者，因此这番尝试被立即终止。
然而大蛇丸却依然暗中进行着已经被终止的柱间细胞移植试验，大蛇丸陆续绑架了村中的下忍、中忍、暗部以及木叶周边村落的六十名婴儿，他从初代火影的尸体中提取出遗传基因，然后把遗传基因注入六十个婴儿的身体中进行人体实验，但排斥反应很强烈，他们相继死去...随着岁月的流逝，令大蛇丸吃惊的是，一个试验体婴儿存活了下来，而这名婴儿就是后来的大和。
叛逃木叶 后来，大蛇丸在准备处理试验尸体的时候，因为其他的实验暴露，令第三代火影及暗部留意到他的古怪行为，所以大蛇丸最后离开了木叶。
当时实力处于全盛时期的三代本想杀他，但最后于心不忍。
在大蛇丸叛离木叶的时候，自来也曾追上去挽留大蛇丸，但还是无法改变大蛇丸离开木叶的决定。 后来自来也仍因为当时无法把走向歧路的好朋友劝回来而自责不已，他也因此多年来都暗中追查大蛇丸的行踪。
晓组织 不久后，大蛇丸对晓组织展开调查，并通过药师兜故意让晓组织知道自己的行动，收到了来自晓组织的来信后，大蛇丸赴约后发现了佩恩天道的轮回眼，在故意败给蝎之后，化为蛇形以极快的速度打算夺取天道的轮回眼，但被天道以神罗天征弹飞，之后主动请求加入晓组织，天道以“方便监视”为目的同意了大蛇丸的加入。同时大蛇丸也认出了天道的面孔，即为当年自来也在雨隐村收留的战争孤儿之一。
蝎（绯流琥形态）与大蛇丸 在加入晓组织之后，戒指是“空”，指环戴在左手小拇指上。在一次晓的会议中，说出了关于川隐村邪教的不死之身实验的相关情报，被佩恩天道派遣和角都一同前往当地招募实验成功体——飞段，在和角都共同制服飞段后，用封印符和晓组织的理念成功说服飞段加入。晓组织正式完成集结后，与蝎组队执行任务。
在宇智波鼬加入后，由于想得到写轮眼的力量，大蛇丸试图夺取宇智波鼬的身体当转生容器，但被鼬以幻术制服，并被斩断一手，后在药师兜的掩护下撤离。后来又因为与晓组织的目的不同最终离开晓。
后来大蛇丸集结势力在田之国建立了自己的忍者村－音忍者村，标记是八分音符，其势力范围位于火之国的北方。他的重要部下有红莲、鬼灯水月、重吾（北方据点）、香磷（南方据点）、药师兜、音忍五人众（即辉夜君麻吕、多由也、次郎坊、鬼童丸、左/右近）等。