南京城一片狂热之下，亦不乏清流。
这股清流以南京中下级官员及北来官员为主，他们的代表人物是吏科都给事中章正宸、兵科给事中陈子龙、翰林学士陈名夏、工科给事中于允中等。
在过往有关国策到底是“联虏平寇”还是“联寇抗虏”，章正宸、陈名夏等与当政诸公进行了激烈的争执，又由于他们的官位相对都不高，所以被朝堂称为“小臣派”。
这个“小臣派”成员也比较复杂，南逃官员有之，东林党人也有之，复社、几社等江南新兴社团成员也有，甚至还有一些是从江北“贼区”被释放回来的官员。
对应的，以东林党人为主的朝廷重臣们则被世人称为“大臣派”。
弘光皇帝乃潞王远藩承继大统，起初东林党对这位潞王拥立也不甚积极，后来因为北兵保了潞王到了南京这才被迫开门迎立潞王，但此后朝堂依旧被以史可法为首的东林党势力掌控，而弘光为了朝廷的稳定性也不得不依赖于东南极有影响力的东林党。
但出于某些特殊原因，亦或帝王心术，好佛的弘光帝支持了“小臣派”的联寇抗虏主张，后来更是在“小臣派”掀起的舆论大潮中以督兵名义将史可法撵出了朝堂。
史可法出外也是“小臣派”取得的一次重大政治胜利，史可法的出外也让其一直主张的“联虏平寇”主张被搁置，随后北方形势大变，北京的满洲朝廷都叫流寇一锅端了，“联虏平寇”自是无人再提。
然而，以满洲英亲王阿济格为首的清军余部向大明乞和，让差不多已蒙灰尘的“联虏平寇”再次被端到了台面上。
自与阿济格使者密商之后，史可法及湖广总督何腾蛟、湖北巡抚章旷、偏沅巡抚傅上瑞等“一线”督抚便不断上书朝廷，请求收编合营满洲兵，供给钱粮，以为大明北伐先驱，“化不利为有利”。
为了让朝廷同意收编清军，湖广总督何腾蛟更是夸大北方战报，称顺军已今非昔比，足有百万大军，内中精兵强将如云，并且顺贼新的首领、原淮贼陆文宗不日就将在北京登基，届时百万顺军便将大举南下攻打大明。
因此，大明的形势已经到了最危险的时候，若朝廷不收编阿济格部，则恐该部迫于顺军压力转而降顺，届时必为顺贼南侵先锋。面对近二十万原清军南下，大明如何抗争？
远在安庆的史可法也上疏阐明必须纳降清军的意义。
疏中道：“先帝以圣明之主，遘变非常，即枭逆闯之头，不足纾宗社臣民之恨。是目前最急者，莫逾于办寇矣。然以我之全力用之寇，而从旁有牵我者，则我之力分；以寇之全力用之我，而从旁有助我者，则寇之势弱...”
史可法的意思很清楚，若不纳阿济格、吴三桂，则二人必为顺军祸害大明。
若朝廷不计从前，诚意收编，则立时便得二十万精兵，只要供给些钱粮就能使这二十万大军为大明出力杀贼，为先帝报仇，有何不可？
“予以义名，因其顺势，先国仇之大，而特宥前辜；借兵力之强，而尽歼丑类，亦今日不得不然之着数也！”
为了让朝廷不要再磨磨蹭蹭，速定此事，史可法疏中更是直言“流寇即将南下，未见庙堂之上议定遣何官，用何敕，办何银币，派何从人对敌？”
更是痛斥朝中小臣清流，道：“本朝所重者皇上之封疆，所轻者先帝之仇耻，既示我弱，益长虏骄，不益叹中国之无人，而北伐之无望邪！伏乞敕下兵部，会集廷臣，既定应遣文武之人速往满营宣旨，应给若干廪费，一并料理完备。”
接替首辅王铎为礼部尚书的东林党人、原礼部侍郎姜曰广同史可法关系最为密切，二人时常书信往来，因此在史可法上书后也立即上“陈恢复大计”，说：“阿济格、吴三桂当速行接济，叫湖广先行拨给粮草，另可册封阿济格为郡王，吴三桂为国公。二人麾下将士升赏任用，朝廷绝不能吝啬封爵。”
大臣派们的主张立时引发了小臣派激烈反对，他们纷纷上书朝廷，认为东奴祸乱中国长达三十余载，致使中国军民死伤过千万，今东奴力衰，朝廷当乘机予以彻底歼灭，不使引狼入室，重现“侯景之乱”。
侯景本为东魏叛将，被梁武帝萧衍所收留，因对梁朝与东魏通好心怀不满，遂以清君侧为名义在寿阳起兵叛乱，攻占梁朝都城建康，将梁武帝活活饿死，掌控梁朝军政大权。后被梁朝驻守岭南的陈霸先与王僧辨等人消灭，叛乱方才平息。
但“侯景之乱”却让江南之地几成赤地，加剧“南弱北强”形势，也彻底终结了梁朝。
“小臣们”中坚人物、吏科都给事中章正宸上疏道：“今日江左形势视之晋、宋更为艰难，肩背腹心，三面受敌。”
请求朝廷既需“念先帝、先后殉社稷之烈”，又应“念三百年生养黔黎尽为被发左衽”。
章正宸指责当国大臣收编满洲余部乃是引狼入室，因那满洲阿济格同那羯族侯景一样都是异族，而“非我族类，其心必异。”
“今虏之朝廷覆没于流寇之手，虏王阿济格进不可恢复其朝廷，退无地据守，不得已方向我朝乞降，然其部尽皆满洲精兵，多达十数万，军力之强远非我朝各镇可比，若冒然援引为我朝之兵，将其视为中兴依助力量，将来中国必有披发左衽之险。”
给事中马嘉植也上言：“昔满洲祸我中国，为害甚烈，今不加以歼除，反引为义师，如同乞师突厥，召兵契丹，自昔为患。万一满洲趁我不备，饮马长江，侈功邀赏，将来亦何辞于虏？”