九十年代的巴塞罗那仍然取得极佳成绩。由克鲁伊夫执教的巴塞罗那由1991年起连夺四届联赛冠军，加上于1992年科曼的入球击败森多利亚，赢得球会的第一个欧冠冠军，故被誉为巴塞历年来的“梦幻队”，也就是梦一队。
当时队中名将如云，由防守的科曼、拉塞尔以至进攻的罗马里奥、萨博尼斯，可谓粒粒皆星。唯一美中不足之处，是球队在1994年欧冠决赛以零比四的大比分惨败于卡佩罗执教的ac米兰，无法再取得另一个欧冠冠军。
随后几年巴萨成绩一直平平无奇，但当球队在1997年夏天由荷兰人范加尔接手后，球队便先后赢得1998及1999年联赛冠军。当时范加尔大量引进荷兰球员，由防守的科库以至前锋的克鲁依维特、范·方卓都是星级荷兰人，被称为「荷兰班底」。可惜范加尔并未能为球会更进一步，起因源于范加尔与球员就战术问题不断争执，影响球队士气。而与部分球星不和亦令范加尔对球员甚有微言。当在2000年西甲中型班拉科鲁尼亚赢得西甲冠军后，巴萨只得第二名，范加尔便宣布辞职，更在记者会上抨击球员毫无素质，没有能力争取佳绩，自此巴萨踏入衰落期，联赛更曾一度跌落至第十五位，连欧冠杯席位都多次失去。
一众巴塞罗那球员一起合照2003年夏天巴萨大改革，拉波尔塔成为俱乐部主席，聘请了荷兰人里杰卡尔德来到俱乐部出任主教练，并收购了巴西超级球星罗纳尔迪尼奥，这标志巴塞罗那的复兴。先于2003至04年球季反弹至第二名，待德科、埃托奥、久利、拉尔森等名将加盟，巴塞更连续两届赢得联赛冠军。
2006年巴塞罗那更是在欧洲冠军杯决赛中击败对手阿森纳，继1992年后第二次夺得该项锦标，但随着更衣室矛盾的一步步升级，巴萨在接下来的两个赛季里一冠未得，梦二王朝在更衣室的漩涡中越陷越深。
2008年夏里杰卡尔德离任，曾经的诺坎普国王瓜迪奥拉走马上任，为了缓解更衣室的矛盾，巴萨果断地送走了梦二王朝的核心小罗和德科，提拔了年仅二十一岁的梅西作为新的核心。重视青训营一直是瓜帅的特色，在拉玛西亚青训营里，瓜帅一举提携了布斯克茨、佩德罗以及召回在曼联不得志的皮克等青训小将，并巩固了伊涅斯塔的主力位置，而这也为巴萨的复兴奠定了基础。在08-09赛季巴萨在瓜迪奥拉的带领下获得了联赛冠军、欧洲冠军和国王杯冠军，并在09-10赛季前半段（2009年）又获得了欧洲超级杯赛、西班牙超级杯和世俱杯，在09年获得了史无前例的六冠王称号，这也标志着巴萨梦三王朝的诞生。