2013年6月3日切尔西足球俱乐部官方宣布穆里尼奥重回切尔西担任球队的主教练，双方签约四年。2013/14赛季穆里尼奥带领切尔西最终获得英超联赛第三名，在足总杯赛场八分之一决赛切尔西零比二不敌曼城遭淘汰，欧冠赛场四分之一决赛首回合切尔西客场一比三负于巴黎圣日耳曼，第二回穆里尼奥带领切尔西二比零战胜对手，逆转晋级四强，可惜半决赛中切尔西两回合一比三不敌马竞，最终无缘决赛。
穆里尼奥开启了防守反击的新派流，其在参透防守反击的同时，为他的执教思想加入了太多科学化和社会化的内容，其中的精髓变得越发圣殿化，其在执教国米时对整个青训营系统的改造，让他的足球理论不再是一个体育竞技范畴，而是上升到了一个科学高度。
穆里尼奥是固执的反控球主义者，坚信控球是把双刃剑，从波尔图到切尔西，再到国米、皇马，再重返切尔西，穆里尼奥的执教生涯与高控球率、地面传递、技术足球沾不上边，穆里尼奥的球队都有鲜明的特点：强硬、快速、高效、朴实、反击、直接。穆里尼奥为追求胜利，极具冒险精神，落后时常采用赌博性质的四前锋甚至五前锋战术。
穆里尼奥信奉意志与精神足球，注重细节、执行力强、偏执张狂，善于激发球员最大潜能和即战力，所执教球队战术严谨，在处理球员关系方面，穆里尼奥几乎从不让媒体抓到把柄，保护着自己的球员，穆里尼奥善于心理战，经常挑衅激怒对手、裁判。
天赋才华、极度自信、坚定顽强、严谨细致、冷酷专制，穆里尼奥的成功，就在于他成功地演绎了一个葡萄牙航海时代的好船长，他感召球员们同舟共济，用战术素养、严明纪律、敬业精神、奖惩分明打造了自己的王者之师。
而穆里尼奥也极具个人魅力和感召力。斯内德多次表示：“为了他，我愿意去死“，马特拉齐在穆里尼奥离开国米时眼含热泪的表示：“我感觉，从今以后世界上再也不会有老师了“，2010年埃托奥谈到自己由中锋改踢边锋时说：“如果不是他，我不会踢边锋的位置，为他当门将我也愿意“，德罗巴也表示：“为了他，愿意在场上踢断腿”。生性高傲的伊布自传说道：“穆里尼奥是一位我愿意为之而死的人”。
穆里尼奥个性鲜明，有“狂人”之称，擅长防守反击战术，被认为是当今世界足坛最具争议和最成功的教练之一。