201213赛季曼祖基奇加盟拜仁的首个赛季，便为拜仁出场二十四次，还贡献了十五粒进球。2013年5月26日201213赛季欧冠联赛决赛，曼祖基奇在下半场先拔头筹，最终帮助球队二比一击败多特蒙德，自2001年之后再捧杯，这也是曼祖基奇的首个欧洲冠军联赛冠军，加盟拜仁首个赛季，曼祖基奇帮助拜仁夺得三冠王，其中包括201213赛季德国足球甲级联赛冠军德国足协杯冠军和欧洲冠军联赛冠军。
201314赛季德甲第二十五轮拜仁慕尼黑坐镇安联球场二比一轻取勒沃库森的比赛中，曼祖基奇延续着自己在联赛里的进球势头，用一记有力的头球冲顶为拜仁首开纪录，这粒进球帮助曼祖基奇在连续的六轮德甲中取得进球，连续六轮的德甲比赛曼祖基奇攻入七球，帮助拜仁全取十八分，直接巩固联赛卫冕的基础。
能够把作为201112赛季德甲金靴马里奥·戈麦斯挤到意甲去的射手，曼祖基奇的射术自然毋庸置疑，尽管他的名字也一样有马里奥。曼祖基奇身体素质出色，门前抢点的能力极佳，无论是左右脚还是脑袋都可以完成高质量的射门，加上出色的跑位能力，他的进球成功率高也是不在话下了。
作为前锋曼祖基奇的传球技术要比射门技术略微逊色一些，但是凭借出色的位置感和制空能力，为弗兰克·里贝里阿尔杰·罗本托马斯·穆勒他们作为进攻桥头堡的作用还是不可忽视的。
别看曼祖基奇身材高大空中优势明显，他的盘带技术也是相当的不错，虽说没有伊布那样花里胡哨的脚下技术，但是曼祖基奇的盘带细腻而实用，把出击的后卫晃掉那是绰绰有余。相比于戈麦斯的不足之处就是速度，曼祖基奇由于身材高大，导致带球跑动时的速度会相对的差上一点，但是凭他出色的位置感，速度上的劣势会有一定的弥补。在欧洲杯上曼祖基奇就让球迷们领略到了他出色的制空能力，加盟拜仁之后，曼祖基奇在空中的优势越发明显，作为新一代的东欧轰炸机，大家都认为他能重现当年克罗地亚空霸射手达多·普尔绍的风采。
他是个典型的禁区终结者，在禁区内的进球能力强，但这并不意奇味着只会在禁区内争顶或抢点，虽然在场上他有时候不显山不露水，但他总是能够在有限的出场时间里取得进球。在人们的印象中，似乎曼祖基奇只是一个防守型前锋，但曼祖基奇也是一个毫不逊色的出色射手，效率毫无疑问是曼祖基奇的一大优势。在瓜迪奥拉战术体系中他的地位比较尴尬，可能会影响他的主力位置，不过他在防守中兢兢业业，也是高位围抢的第一道防线，更重要的是比赛中充满战斗精神的曼祖基奇总是不断的和对手纠缠，这也让瓜迪奥拉也不得不继续重用他。
很多人都认为他是个典型的团队射手，但他可以更多的是为队友制造空当，出色的头球能力，更是让曼祖基奇在关键时刻屡屡建功，虽然曼祖基奇在对强队的时候有不俗的发挥，但更多的体现在防守上，这让他的印象分大打折扣，真正较劲的比赛他的进球较少，也成为了曼祖基奇的最大短板。