2001年1月皇家社会身处西甲的保级区，阿隆索毛遂自荐告诉主帅约翰·托沙克不怕担当责任，于是约翰·托沙克任命阿隆索为队长，希望其能帮助球队保级，那年阿隆索只有十九岁，最终在赛季结束后帮助皇家社会保级成功。
2002-03赛季是阿隆索崛起成为球星的转折点，成为皇家社会的关键人物，加上优秀的前锋组合，协助球队获得西甲联赛第二，仅次于当时球星云集的皇家马德里，而此前的皇家社会只能为保级苦苦挣扎。
在2003-04赛季的欧冠联赛中，阿隆索首次踏入欧冠的赛场，在与尤文图斯、加拉塔萨雷以及奥林匹亚科斯的小组赛中，帮助皇家社会以两胜三平一负的成绩获得小组第二杀进欧冠的十六强，但在与里昂的1/8淘汰赛中以两个回合零比二负于对手，未能更进一步。
2004年8月阿隆索从皇家社会转会至利物浦足球俱乐部，8月25日阿隆索亮相安菲尔德，这位从西班牙巴斯克地区走出的后腰正式踏上英超的赛场。8月29日在利物浦对阵博尔顿的联赛比赛中，阿隆索获得登场机会首次为利物浦上阵，10月16日在对阵富勒姆时阿隆索用一脚任意球直接破门收获了个人首个英超进球。
2005年元旦在联赛对阵切尔西的比赛中，因阻截对方弗兰克·兰帕德弄伤足踝，阿隆索因伤休息逾三个月，但是阿隆索比预期更早复出，在欧冠杯八强对阵尤文图斯的第二场上阵复出，在缺少史蒂文·杰拉德的情况下阿隆索打足九十分钟，协助利物浦客场以零比零战平尤文图斯晋身四强。
在2005年的欧冠杯决赛对阵ac米兰的比赛中，阿隆索为利物浦攻入一粒决定性进球，帮助利物浦扳平比分，从而完成惊天大逆转。最终利物浦通过点球大战，时隔二十一年后再次夺得欧冠冠军，这也是阿隆索的首个欧冠冠军。
2005-06赛季阿隆索远离伤病的困扰，成为利物浦的铁打主力。阿隆索为利物浦踢满了欧冠和英超联赛的所有比赛，但利物浦的表现不好，在欧冠赛场止步于十六强。2006年1月7日在英超足总杯第三轮对阵卢顿的比赛中，阿隆索上演梅开二度，协助利物浦以五比三反败为胜。在这个赛季的足总杯决赛，利物浦迎战西汉姆联，阿隆索首发出场协助球队夺得足总杯冠军，这也是阿隆索在利物浦赢得的第二个冠军。
在2007年欧冠杯决赛利物浦再次对阵ac米兰，该场决赛阿隆索有稳定表现，但利物浦最终以二比一落败，无缘再度加冕欧冠冠军。
2007年6月1日阿隆索与利物浦签订了一份为期长达五年的合同，这意味着这阿隆索将继续在安菲尔德效力至2012年，但签下新合同的阿隆索却在接下来的2007-08赛季中受到伤病的困扰，主力位置也一度受到来自新援哈维尔·马斯切拉诺与卢卡斯·雷瓦的挑战。