直至20世纪90年代末里昂由桑蒂尼带领，先连续取得联赛头三名，到2002年终于首次登上法国顶级联赛冠军宝座，同年勒冈接替执教法国国家足球队的桑蒂尼，他其后继续带领里昂保持气势，加上队中球员小儒尼尼奥、迪亚拉、克里斯蒂亚诺·马克斯·戈麦斯、迈克尔·埃辛、西德尼·戈武及门将格雷戈里·库佩表现突出，2003年至2005年横扫三届联赛冠军，创下连续四年夺得联赛锦标，平了1960年代末圣艾蒂安及1990年代初马赛的四连冠纪录。
2005年前利物浦主教练热拉尔·霍利尔重返法国担任新任主教练，并加入葡萄牙中场蒂亚戈和前巴伦西亚前锋约翰·卡鲁，他亦成功带领里昂赢得一届法甲冠军。
2007年里昂成为首支上市的法国足球俱乐部，成功集资八千四百万欧元。卫冕法甲2007年4月21日联赛次名图卢兹二比三不敌雷恩，令处于榜首的里昂领先次席多达十七分距离，里昂因此提前六轮联赛庆祝俱乐部连续第六年夺得联赛冠军，亦是欧洲五大联赛历史上首支联赛六连冠队伍。在2007-08年赛季里昂再一次成功卫冕联赛锦标，达成七连霸伟业。不过在2008-09赛季里昂排名法甲第三位，联赛冠军被波尔多所获得。于2010年4月里昂以两回合三比二的比数于欧洲冠军联赛击败波尔多跻身四强，此乃里昂首次晋级欧洲冠军联赛的四强阶段，不过进入四强后的多个赛季，里昂因经营战略问题跌入低谷。
现在的主教练是雷米·加尔德，他与前几任不同，加尔德本身就是从里昂走出的球员，也在里昂开始自己的教练生涯。这几年也是里昂最黯淡的一段时光，无缘欧冠和竞争对手的差距越拉越大。不过加尔德在10年率队夺得法国杯和法国超级杯，完成了前任普埃尔未能做到的事，打破了四年冠军荒。
可是外界都认为加尔德用兵死板是其弱点，不过他还是为里昂培养了一批才华横溢的年轻人和稳定的442阵型。
里昂和马赛两个俱乐部到底有什么仇恨呢？其实纵观历史还真就很难找出其中的关键来，因为这两个城市之间其实并没有什么可以引发直接冲突的地方，不管是在历史上还是在近现代，整个法国的历史其实一直都牢牢地掌握在巴黎人民的手里，和他们这两个城市都没有什么关系，但是这两个城市的第二之争却打出了仇恨来，彼此都认为自己是法国的第二大城市，这就是他们最大的矛盾了。
而俱乐部层面双方都曾经成为了法甲的巨无霸，而且里昂的成绩还要好过马赛，所以这也成为了马赛和他们之间无法调和的另外一个矛盾，于是他们之间就成为了最大的敌人。