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雨隐村永远笼罩在悲伤的雨丝之中，没人知道大陆上嚣张跋扈的强大叛忍组织‘晓’就藏身在这里。
晓组织刚组建的时候有三个忍者，正是自来也教导过两年的弥彦，长门和小南。弥彦从自来也身上学会了守护和平的理念，于是和两个好伙伴成立晓，立志改变忍者世界，不再让二战这样的悲剧发生。
二战的主要战场就是他们居住的雨之国，当初被称为忍界顶点的山椒鱼半藏以小村之力挑战木叶，试图撬动五大国的格局，最后惨败，雨之国国力衰败，雨隐村也是惨不忍睹，路有冻死骨，河水满饿殍。
在乱世中成长起来的三人希望自己的组织可以成为国家的希望，所以以‘晓’为名。三个年轻有为的少年也确实一度影响了整个村子，卓有功效，吸引了很多年轻的忍者加入他们。
然而一个发展迅猛的强力组织必然会引起统治者的注意，特别这个组织的理念还和统治者的想法相悖的时候。
山椒鱼半藏有自己的野心，而晓组织却不想发动战争。晓组织的存在在山椒鱼半藏看来就是麻痹雨隐村的毒·品。加上志村团藏的煽风点火，最后山椒鱼半藏终于对晓出手。
山椒鱼半藏先欺骗小南，将她控制作为人质。然后又在包围圈里以小南生命为威胁，要弥彦和长门自相残杀。【.】最后弥彦自己撞上了长门的苦无死去，好友的惨死激发了长门的轮回眼，山椒鱼半藏这位年迈的忍界顶点也只能含恨而死。
可以说本来事情到这里还有余地，然而长门这个本来就没有目标的男人接过了弥彦的遗愿，成为了晓的领导，开始将‘晓’变为恐怖组织。
当然长门也并不是一开始就黑化的，在暗中还有一个人影响着他，就是宇智波带土。开始宇智波带土是按照宇智波斑的安排和晓组织接触，因为长门的轮回眼就是斑移植给他的。斑知道自己快死了，在和初代目一战之中他也伤的不轻，所以他安排了复活事宜。只要使用轮回眼的秘术，就能让人起死回生。
而这双轮回眼正是宇智波斑一生中最高的成就，直到生命的尽头才觉醒的终极武器。
斑一开始就选择长门，后来更是希望把‘晓’变为一个为了复活他而活动的组织，当然作为报酬他将会为晓实现‘永恒的和平’。
弥彦活着的时候表示十分感动但拒绝了，他从自来也身上学到和平是需要自己双手来争取和守护的，并没有捷径。
然而弥彦死了，证明他坚持的理念错了。如果还是希望和平的话，长门必须要另辟蹊径，于是他听从带土的建议，终于走上了斑安排的道路。
此时小南站在雨中，脑海里抹不掉那些无辜孩童惨白的面庞，那些年轻的生命就这么逝去了，就好像被骤雨摧残凋谢的花朵，被他们亲手打落。
一直以来坚信自己能带去和平，可是现在看‘和平’的代价或许是他们不能付出的。还有晓组织的那些叛忍，难道没有一点人性么？看到这么多孩子死去竟然无动于衷，小南动摇了。