胥山之战，成为平叛之战的转折点，叛军全面进入防御阶段，并逐渐走向灭亡。
叛军的二十五万大军，最后收拾残兵败将只得八万余人，也不敢再入秀州城，而是直接退往杭州而去。
秀州城内只余下五千人坚守城池，结果士气高涨，乘胜而来的宋军，只花了一个时辰便攻破了秀州城，其中营指挥使韩世忠，更是赤膊上阵，单刀杀上城头，于乱军之中取了守将朱言的人头，令叛军群龙无首，迅速崩溃。
农历五月初，宋军左路兵马在秀州稍作整顿之后，又聚集了崇德各地前来助战的厢军，合计十五万人，对杭州府境内的叛军进行反扑。
杭州府境内，八万多叛军直面十五万宋军的兵锋，然而叛军在军力对比上，已是不足，居于劣势，再加上装备和战斗力的劣势，更是无力阻挡宋军的前进，只得全面退守杭州城。
然而一路败师之下，丢弃粮草辎重无数，已是粮草不足，八万人若困守一城，则更加被动。
谋士吕将进言“立即撤出杭州”，认为这是“唯一可行之计”，方腊却不愿放弃血战得来的杭城。
童贯接受杨可世的围三阙一的计策，将杭州城北面、东面和西面团团围定，只留下南门空出。随着时间一天天过去，方腊终于在粮草将尽、伤亡日增的情况下，才先行与重伤初愈的方百花率六万部曲撤离杭州打宋军源源不断前来助战的厢军“外援”，留下方七佛部坚守杭城。
方腊的大军在阻截和攻袭厢军前来助战的外援的战斗中，取得一定的战绩，而且获得了大量的粮草辎重补充，却不能改变杭州之战的大局，毕竟围城的宋军主力是西军，而非地方厢军。
半个月之后，城内粮草断绝，方七佛被迫率两万残部开城再次自南门突围。
这一次，宋军早就严阵以待，在杭州南门设下了天罗地网。
一场激战之后，叛军十不存一，只剩下一千余人随着方七佛杀出重围，经富阳等地，退回青溪。
方七佛孤军败逃之后，方腊不甘辛苦得来的杭州失守，竟然又率六万大军反攻杭州城，结果自然可想而知，被西军主力大军杀得丢盔弃甲，大败而逃。幸得沿途均有摩尼教众策应，得以进行了有力阻击，使尾随宋军不敢贸然轻进，才不至于在白梃兵的追袭下全军覆没，进而退入桐庐城，获得喘息的机会。
胜券在握的童贯左路大军，步步为营，缓步向南推进，终于兵临桐庐城下。
桐庐之战，是方腊最为出色的一次防守战，二十万宋军四面围城，足足强攻了二十多天，才以死伤惨重的代价，攻破桐庐城。
方腊再次率残兵败将三万余人，退往根据地睦州城，汇集睦州各县前来相助的叛军，合计又得十万余人。
睦州之战，是神霄派祖师王文卿大展神威的一战，王文卿以神雷轰塌城墙，众宋军趁机从城墙缺口杀入城内，叛军不敌，边杀边退，退出八万余人。
恰恰在此时，南面的衢州、婺州闻讯前来助战的叛军正赶往睦州城而来，三路叛军汇合在一起，又聚集了二十万人，相继在睦州南郊，在水渡(今白沙)，在青溪(贺城)一再阻击乘胜追击的宋军。
就在此时，攻下婺州、宣州、湖州和池州的刘延庆的右路大军与童贯的左路大军汇合汇合，两军重新合并为一路大军，合计二十八万余人，兵力大增，愈发锐不可当。
方腊见得宋军两路汇合，兵力激增，只得主动放弃青溪县城，撤回起义者根据地帮源、样桐一带。
农历六月初，王禀率领的宋军西军主力率先向帮源门户箭门岭(又名箭门山)发动攻势。
箭门岭的地形内陡外缓，一旦突破山口就把守不住。当时，方腊只顾把重兵放在岭北要道，而忽视了岭南那个隐蔽山口，只派一支小部队防守，让王禀钻了个大空子。
这也是最为致命的一个空子！
方腊麾下军师汪公老佛，闻讯亲率五万大军增援岭南，竭力把宋军挡回去，然而战机错过，宋军的白梃兵先锋早已在杨可世的率领之下突破山口，率众长驱直入。
岭南山口的突破，使叛军完全处于被动。
箭门岭破，等于宣布方腊的彻底灭亡，心中不甘的汪公老佛率众拼力阻击，想将白梃兵赶出山口，奈何白梃兵乃天下强兵，几经掩杀，箭门岭最终落入敌手。
为了保卫帮源的门户，军师汪公老佛和成千上万的起义军将土一起，用自己的鲜血染红了箭门岭的每一寸土地。
后人便把这座山岭叫做“血污岭”，这次战斗叫做“血战箭门”。
自胥山之战以来，宋军更是一路横推，所向披靡，只不过两个月时间，便已将方腊逼入了帮源，又打破了岭南门户，形成了瓮中捉鳖之势。
只是短短的两个多月的大战，叛军伤亡近十五万人，再加上因兵灾带来的无辜百姓的伤亡，更是远远超过战争的直接伤亡。
就连一路连连获捷的宋军将士，都折损了两三万人。