海军出马
与陆军上层心怀鬼胎的观望态度相反，由于铃木贯太郎，冈田启介和斋藤实三名海军大将遭到袭击。海军在第一时间内就定下了对政变坚决镇压的方针。海军军令部总长伏见宫博恭王当天就召集幕僚，明确说明了镇压的态度。26日中午12时，联合舰队司令高桥三吉向正在土佐冲演习的舰队发布命令，要第一舰队进入东京湾，第二舰队进入大阪湾。当时任海军军务局局长的丰田副武咆哮“陆军没这个意思的话，就由我们来动手！”。
海军省办公楼前摆了一地的高压水龙，以防万一。海军陆战队奉命加强对海军各岸上设施，包括海军领导机关办公楼和退役高级将领私宅的警戒，另外还打算把天皇接到舰上，以免受陆军叛兵的挟持。26日下午，横须贺镇守府司令米内光政的第一水雷战队把陆战队经芝浦送上岸，堆起了沙包工事，摆出准备战斗的态势。
27日一整天，裕仁天皇都是在焦急不安中度过的。此时第一舰队已经在旗舰“长门”号战列舰的带领下浩浩荡荡地开进东京湾，各舰都将炮口对准了陆上的叛军阵地。“长门”号瞄准的是被叛军占领的国会议事堂，负责测定标的的第九分队分队长长光大尉用测距仪很细心地测出，从“长门”舰到国会议事堂的距离是19000米。加藤隆义统率的第二舰队也在旗舰“爱宕”号重巡洋舰的带领下于27日上午9时许抵达大阪湾，开始实施警戒。
镇压政变
28日，在天皇的一再催促下，犹豫不决的军部终于下了镇压的决心。陆军次长杉山元得到天皇同意，发布了《奉敕命令》指示戒严司令官迅速使占据三宅坂的军官及部下撤离现场，归复各所属部队。奉敕命令随后正式传达给第1师团。戒严司令部决定29日完成镇压的准备工作，并开始讨伐叛军。
参加镇压政变的部队有近卫师团和第一师团各7000人，另外从仙台和宇都宫调来了第2、第14师团所属部队6000人，总数近24000人。29日上午，荒木、真崎两位陆军大将为避免叛乱部队遭到武装镇压，前往戒严司令部进行交涉，但遭到拒绝，戒严部队参谋石原莞尔将两名大将赶出了司令部。在他们离开后，香椎司令官再次提出避免“皇军自相攻击”，但杉山元坚决不同意，要按天皇敕令以武力讨伐。东京街头的坦克车装上高音喇叭，不停地广播nhk著名播音员中村宣读的《告军官士兵书》。这份由戒严司令部发布的声明称：“现在归复原队，仍为时不晚；抵抗者全部是逆贼，射杀勿论；你们的父母兄弟在为你们成为国贼而哭泣。”与此同时，飞机在政变部队上空盘旋撒下《告军官士兵书》的传单，劝诱政变部队回归营房。
叛军此时已在严冬中坚持了3天，疲惫不堪，士气消沉。在听到广播、拾到传单后，纷纷脱离了叛军，返回原部队。策动叛乱的军官见大势已去，也未加以阻拦。这些军官随后被戒严部队拘捕，集中到陆军省大院。关押他们的统治派的军官冈村宁次预想并期待他们自尽，已让第一卫戍医院的护士兵准备好消毒药水和脱脂棉，还准备了30多口棺材，但叛乱军官拒绝自尽，想要通过公审来“揭露军阀的阴谋”。
铁腕处理
陆军首脑部吸取相泽案件公审的教训，对政变主谋实施军法审判，审判过程不公开，不设辩护律师，一审即终判。由于二二六事件直接威胁到了天皇的统治权，因此对叛乱军官的处置也异乎寻常的严厉。7月5日，军法会议判处在政变中起领导作用的矶部、香田等17名军官死刑。有意思的是，宣判里一点没有提到谋杀罪，判刑的唯一根据是，这些军官犯了未经天皇批准而擅自动用皇军之罪。在幕后支持暴动的北一辉和西田税，以及砍杀永田的相泽三郎也被处死。其余的士官和士兵则被免予处分，因为他们只不过是遵从上级的命令。这次对政变jūn_rén 惩处的严厉程度，远远超过了此前历次的处理。
达到了政变的目的
一千五百多名热血的日军陆军中、下级军官的政变失败了，但是他们政变的目的却在他们被处死后达到了，这有没有讽刺性的意味？
因为温和派、保守派的主要重臣被杀，冈田首相也不再好意思继续任职，引咎辞职。天皇已经意识到如果再继续用温和派、保守派的老头子来组阁，那么保不准还会有第二次、第三次政变，必须任用一些有担当、果断、铁腕、独裁的中壮年人物。
皇道派发动政变时所积极追求的目标，例如军部独裁、国家政权法西斯化，在政变失败后反而得以实现。这不仅是因为同属法西斯派别的统制派牢牢掌握了军部大权，而且内阁也被以新首相广田弘毅为首的文官法西斯集团所控制。
1948年，70岁的广田成为东京审判被绞死的唯一文官战犯。主要罪状即：广田三原则，确立了军国体制。
广田三原则的实质是(1)中华停止抗日活动，抛弃依赖英美政策，与日本合作；(2)中华要承认伪满洲国，借以促进华北与“满洲”的经济文化关系；(3)中华应与日本合作，“防俄”、“防共”。
对于日本陆军在二二六事件中的角色，以及在随后日本法西斯化中的作用，抱有左派观点的井上成美海军大将在日本投降前曾经有过一番很有意思的讲话：“陆军动辄把自己大肆吹嘘成什么‘皇国的中流砥柱’，事实上，正是陆军……最终把日本拖入了灾难。所谓的‘中流砥柱’，就是中国的黄河上有几块挺立在河中、顽固阻挡潮流前进的顽石。从这个意思去理解的话，陆军也不愧是真正的‘中流砥柱’啊！”</dd>