城门打开后，尚可喜没有率部往城中杀去，而是留在余地控制城门，确保没有金人从城门逃出去。同时，他还组织一些攻城的汉民到城头上割取金兵的首级，按真满州、假满洲分类，好事后报到朝廷计功。
大勇进城的时候看到了尚可喜和堆在城门的金兵首级，对他的举动很是赞赏，随后交给他一个重任，率部攻打代善的大贝勒府，若是能活捉代善，便是大功一件。
尚可喜欣然领命而去，他手下的那些双岛兵也早就耐不住性子了，眼瞅着别人在城中大肆抢劫，他们却要在这城门和一堆人头做伴，换谁都不乐意。要不是尚可喜在他们之中威望甚重，锦州军的军法又严厉，恐怕早就有人跳出来闹事了。
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此时内城之中已是乱成一片，甚至还起了火，不知道是金军放的火还是明军放的火。
到处都是妇人的尖叫声、孩童的哭泣声，大街上都是闹哄哄杀掠的旗兵和汉军，这让大勇眉头为之一皱，但旋即展开，命人叫来额必伦，吩咐他马上收拢那些旗兵，然后包围济尔哈朗的府邸，不许府中一人出来也不许一人进去，同时也不许杀一人，只围起来就好。另外派人去将圈禁中的阿敏找出来，不能让这人死了。
额必伦本是想找代善报仇的，但略有犹豫后还是领命而去。
大勇又命令跟在他身边的归附汉将张定辽、裴国珍、陈邦选等人马上去整顿进城的汉军，然后各自去控制住岳托、萨哈廉等随洪太出征的小贝勒府邸，同样也是不许进不许出，不许杀。
这个命令让张定辽他们很是憋屈，好不容易杀进内城，都指着好生抢一把，再多杀几个金国大官换取功劳，现在却摊到去给人看家的命令，一时之间都有些恼火，可他们也不敢不遵令，只能暗骂大勇两句出出气。
大勇又派王飞、林俊义率所部亲兵包围阿济格三兄弟的贝勒府，再命蒋万里统领向宠、杜道所部步军坐镇城门，协调外城和内城的联络。
董忠和沈义的两个炮军千户没有入城，转而和维持外城秩序的郭城、李固部接防外八城门。
大勇随后又派亲兵持令将内城已破的消息传给曹变蛟，同时命令彭四锤的轻骑立即撤进沈阳待命，随时准备往辽阳撤退。
得知有一队金兵往汗王宫逃窜后，内中似乎有代善的身影，大勇顿时来了精神，亲自带兵往汗王宫。
汗王宫这会也炸了窝，再蠢的人也知道城门失守了，否则这城中哪里来的喊杀声。宫里仅存的几个摆牙喇押着一帮奴才将宫门死死关住，妄图拼死抵抗明军。
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