既然如此，水师就不能再交给过去的五军都督府那种马步军的衙门来管理，最起码要有一个地位相称的独立的衙门。
而这个衙门，就是眼下崇祯皇帝所说的海军都督府。
崇祯皇帝说完了前面那番话，停顿了下来，等待着殿中这些有资格参与建极殿朔望朝的大臣们慢慢消化理解，过了片刻之后，接着说道：“如今兵部尚书南居益南爱卿，对此应该深有体会！”
崇祯皇帝话音一落，殿中大臣纷纷扭头或者侧目看向立在文官前列的新任兵部尚书南居益。
崇祯皇帝见状，接着说道：“南爱卿在任福建巡抚期间，曾经亲率闽地水师，在澎湖列岛海域，与进犯闽海之荷兰红毛番的海军舰队大战。
“虽然此次海战，以我大明朝水师获胜而荷兰舰队败退结束，但荷兰红毛番的战船却更大更快更坚固，其火炮射程更远威力更强，于我大明水师造成巨大伤亡。
“朕尝翻阅司礼监往年旧档，南爱卿当年呈递朝廷之战报，于我大明水师之长短优劣见识不凡，所上之条陈亦是洞见深彻！
“然而此次海战击退夷人之功未得封赏，而当时领兵之将却又转眼被戮！如今思来直令人不胜唏嘘！”
殿中知道此事的人，这个时候自然明白崇祯皇帝说的是俞大猷的儿子时任福建总兵俞咨皋。
俞咨皋当初跟着南居益打赢了荷兰人的舰队之后，福建水师损失巨大，却没有得到应有的补充。
等到南居益离任之后，郑芝龙迅速强势崛起，在天启六年冬的一次海战之中，俞咨皋所带水师被郑芝龙打得全军覆没，而身为总兵官的俞咨皋几乎是孤身逃回。
俞咨皋逃回来之后，随即被逮捕，没过多久，就被朝廷下令就地斩首示众。
一个身经百战的总兵官，而且还是俞大猷这种大功臣的儿子，因为一场失败，说斩首就斩首了。
虽然当时的明朝已经是算是末世气象了，但仍可从中见出当时大明朝廷的权威之重。
如今站立在大殿之中文官前列的新任兵部尚书南居益，听崇祯皇帝说完了这话，连忙出列上前，跪倒在地，叩首说道：
“陛下圣明，令臣感奋！今日朝廷有此海军之设，更亲耳听闻陛下此言，臣心中多年夙愿得尝！
“我大明得遇陛下这般圣主，重现太祖成祖当年之盛世局面指日可待！”
兵部尚书南居益跪在地上说出这番话，身后站立的内阁首辅李国鐠也当即出列，撩袍跪地，山呼万岁。
李国鐠这么一来，殿中文武群臣自然也不能站着，当下一个个跪在地上大礼参拜，然后山呼万岁一番。
等到群臣参拜颂圣一番完毕，崇祯皇帝也不说平身免礼的话，直接说道：
“边军、内卫、近卫、海军之外，朕所谓今后之五军都督府中，尚有一后备军都督府！
“边军、内卫、近卫、海军之属，皆常备之军也！而此等经制常备之军以外，似各地不领朝廷粮饷之乡勇、团练、民壮之设，皆为后备之军也！从今而后，悉归后备军都督府统一登记调度，以备不时之需！”
说完了这话，崇祯皇帝略作停顿，然后对跪在殿中的群臣说道：“朕今日与卿等所说，只是一个大略。除此之外，至于此五军都督府该当设于何地，该有何种职司，各个都督府之左右都督、都督同知、都督佥事等大员，该有何人充任，等等事宜，皆由军机大臣与兵部以及现有五军都督府诸卿拟定，尔后呈朕，由朕与内阁诸卿共议也！”
崇祯皇帝话音刚落，突听群臣之中有个苍老而低沉的声音说道：“启奏陛下！五军都督府原有南北两京之分设，此番朝廷以此新设之五军取代京师现有之五军，似南京之五军都督府，又该当如何安置？”
光听声音，崇祯皇帝就知道是英国公张惟贤了。
张惟贤说完了这话，看见皇帝沉吟不语，当下接着说道：“我大明朝幅员辽阔，南北之间远者相隔数千乃至万里之遥，祖宗当年有南北五军都督府之分设，其中自有道理。
“方才老臣听闻陛下之言，对新五军之设，并无不同之意见，只是此端尚需陛下深思而熟虑！”