不管怎么说，如今这位崇祯皇帝可是拥有一颗来自后世的灵魂，所以，他对王尊德上书谈及的情况和现象，是完全能够理解的。
就是说，单凭后世的常识，他也知道开海通商之后发生在广东的情况到底是怎么一回事情。
但是，理解归理解，对于王尊德叫停开海通商的结论和主张，他却是不能接受的。
无论如何，他也不会允许如今的大明朝再回到过去的禁海或者半禁海，也就是闭关锁国或者半锁国的封闭状态之中去。
就在收到来自广东和南京的奏疏之后，崇祯皇帝让人请来了在京的阁臣以及户部和吏部尚书。
王尊德的上书送进通政司之后，首先就分送到了内阁，所以内阁首辅李国鐠和阁臣徐光启两位都是看过的，不过他们知道皇帝对于开海通商的态度，所以在票拟之中，除了提议让两广总督府停征支应西南的粮饷配额之外，就是建议南京兵部尽快征调闽浙兵马入粤，与两广总督府一起南北夹击，剿灭陈万之乱。
内阁对于广东开海通商的问题只字未提，对于王尊德的主张既没有表示支持，也没有亮明态度反对。
崇祯皇帝看了之后就明白了，李国鐠和徐光启对于王尊德指出的问题也是心有戚戚，有着一种同情的理解，但又非常明白，皇帝不可能叫停开海通商，所以干脆只字不提。
不过崇祯皇帝却不能放任这样的苗头，内阁的票拟只字不提可以，但是他作为皇帝却不能王尊德的主听之任之。
制靛业行会的小会首陈龙领导下的苗瑶民乱，虽然是个问题，但是这个问题与开海通商的大政方针比较起来，却是一个小问题。
听了吏部尚书对王尊德生平及官品的介绍之后，崇祯皇帝对在座的几位重臣说道：“开海通商乃是国家大政，既已昭告天下，岂可朝令夕改？！广东巡抚王尊德上书所言断不可行！
“广州开设市舶司，鼓励商民出海或者番商停靠，一定会有一些问题，但是有了问题可以解决，而不是因噎废食，从此闭关锁国。
“闭关锁国对于制靛业者乃至广东各行各业，短期看虽有小利，但是长远看，于国于民却有大不利。
“诸位爱卿都是朝廷重臣，其中的道理，自然不用朕再多说。四月以来，广州、泉州、宁波、上海、登州五处市舶司皆有报告，户部南北榷政使司想必也甚清楚，如今虽然未见重利，但其收益已是可观，五处市舶司上缴户部关税银两已过二十万两，广州一地获利尤丰。假以时日，朝廷又何愁财源枯竭！
“因此之故，不论京师地方官员，再有倡言废市舶者，一律革职论罪！”
趁着皇帝喝茶润嗓的机会，户部尚书毕自严连忙说道：“今春陛下诏令广州等五处设港通商以来，除登州市舶司来往商船较少，税银未见其利以外，广州、泉州、宁波、上海新设海港，收缴往来商船之税银，皆可与漳州月港相媲美。
“臣也认为，朝廷开海通商如今不过数月，成效已经初显，假以时日，必将是朝廷一大财源。是以，废止市舶，叫停开海通商决不可行。”
户部尚书毕自严俨然是如今大明朝的财政专家，他这么说了之后再说开海通商“其利未见，而其弊已显”的说法，也就立不住脚了。
这时，内阁首辅李国鐠斟酌着说道：“陛下，臣看广东巡抚王尊德上书所言，也并非全无道理。开海通商于国有大利益，自不待言，然而番商云集，番货流行，对于依靠百工为生的升斗小民来说，终究有所损害，不可不防也。
“以臣之间，户部与南北榷政使司还是要尽快拿出一个关税条例，大明本已丰足之物产，再行输入者课以重税，而大明紧缺之物产输出者课以重税，而对输入者课以轻税乃至无税。”
听完这话，崇祯皇帝看着毕自严说道：“李爱卿所说不错，制定关税条例的事情，就交给户部与南北榷政使司了，尽快商定条例，报朕审阅。”
说完了这话，崇祯皇帝看着几位大臣说道：“开海通商，是朕钦定之国策，绝不容许有任何之动摇。王尊德既已明确主张废止广州市舶司，那么他就不能再任广东巡抚。内阁传朕旨意，即日起免去王尊德广东巡抚一职，勒令其致仕归籍。”