等到朱元璋恢复中华之后，蒙古人被赶回塞外，而回回和其他一些色目人大部分跟着抵抗的元军退往西北，剩余的归顺明军，继续定居华夏腹地。
尽管这些回回和色目人，曾经在消灭南宋的过程中，对汉民族犯下过无数残酷的罪行，但是朱元璋并没有对他们秋后算账，进行清算复仇。
相反，大明朝后来的皇帝和朝廷官员，对待回回与汉人完全是一视同仁，没有任何的歧视。
比如三宝太监郑和就是云南的回回出身。
因此，到了明朝中叶以后，回回再一次遍布天下了，而其中陕北的绥德、榆林、延安等地，以及甘肃的临洮、固原、庆阳、平凉和宁夏等地，都是回回分布相对比较集中的地区。
由于这些地区的回回比较集中，又有所谓的“经堂”作为他们相互联系的关系纽带，所以非常抱团，一到了荒年，就会成群结队地四处抢掠汉民。
为此，明朝中叶的时候，陕西的官府曾经专门针对回回规定了几条禁令，比如回回不许持兵器、不许群聚、不许抢掠等等，但是这些禁令形同虚设，根本约束不了这些人。
而当时的这类人也很少以大明百姓自居，不认为大明朝廷管得了他们，所以动不动就聚众造反。
这个问题不光是明朝存在，即便是到了后世汉人推翻了满清，建立了中华民国以后，西北的这个问题依然十分突出。
所以，一在孙传庭的奏报之中看到老回回这个名字，如今这位崇祯皇帝立马就想到了马守应，想到了到了后世的一次又一次回乱，或许应该趁着陕北大乱的机会，将这个问题一劳永逸地解决掉才好。
接到了来自陕西的最新奏报之后，在正月的最后几天里，崇祯皇帝连着几天，与三位军机大臣商议平灭流贼的有关事宜，最后终于商定了这么几条，派人以六百里加急的速度，送往榆林、西安和花马池。
其一，诏令免除包括陕北延绥在内的陕西诸州府五年之内一切钱粮及正税杂税，禁止陕北延绥等陕西诸州府官吏向百姓收取任何钱粮等物，违者论死。
其二，诏令三边总督袁崇焕遣人到陕北、关中诸州府招收饥民，赴宁夏黄河两岸沿线屯垦。
其三，诏令临洮镇总兵官董志义、监军御史韩一良，带临洮镇主力移镇汉中，并命令三边总督袁崇焕赴临洮，亲自坐镇指挥临洮镇上下移防事宜。
其四，诏令封藩西安的秦王朱谊漶，出资崇祯银元五十万，支应临洮镇上下移镇汉中有关事宜，出粮米三十万担，支应陕西巡抚洪承畴赈济关中饥民。
其五，朝廷为陕西三边五镇，即延绥、定虏、宁夏、甘肃、临洮，拨付崇祯银元一百万，作为崇祯二年元月至六月军饷，旨到之日起，由洛阳户部分司转运西安，由三边五镇监军御史携三边总督衙门关防文书，赴西安支取。
而且这一次，崇祯皇帝还将自己日益倚重的高时明再次派了出去。
但是这一次不是往洛阳，而是往西安，并且带着刚从辽东调回京师的胡一魁，到西安筹备设立锦衣卫西镇抚司，专门坐镇监察临洮镇移防，以及秦王府出资助饷有关事宜。
当然，崇祯皇帝下决心，设立锦衣卫西镇抚司，不是为了要在西安大开杀戒，而是为了整顿陕西三边五镇，以及山西、河南两地的锦衣卫系统，这些个锦衣卫千户所力量分散，各自为政，实在是锦衣卫资源的一大浪费。
除此之外，崇祯皇帝以密旨的形式，再一次将自己的剿匪战略详详细细地告诉了袁崇焕、洪承畴和孙传庭三个人，告诉他们剿灭流贼必须斩草除肯，不能春风吹又生，要把陕北诸州府不适宜耕种居住地区的百姓，尽快全部迁移宁夏、河西或者河套安置屯垦。
对于已经造反的流贼，能诛灭的就地诛灭，不能诛灭的，不要往东压迫，而是要尽量往平凉、庆阳、固原乃至凤翔、临洮等西部边地驱赶。
说到底，就是一句话，东边要严防死守，不让流贼流入大明腹地，而西边则是让开道路，如果不能剿灭，就让流贼西去。
处理完了给陕西三边诸地督抚的旨意之后，崇祯皇帝与军机处的几位军机大臣还没有商量好如何安排山西的剿贼事宜，就又收到了来自山西上下一众官员的奏疏。
而来自山西上下一众官员中的几封奏疏，让内阁和军机处几位重臣惊诧莫名的同时，也让崇祯皇帝再一次难以遏制地感到愤怒。