说完看着众臣。这时，孙承宗说道：“陛下，臣对东南海上之事所知不多，但却知道这类纵横海上的海盗，即便归附朝廷，也不会实心顺服，即便朝廷令其为总兵，臣看亦未必能收其部众之心。
“若是陛下有此忧虑，可授其本人卫指挥使之官，而给其海防参将之职，其所属部众头目也授千户、百户卫所官，同时授以海防游击、守备、把总等职务，并令其分遣所部，剿灭别部海贼，如此或可达到分其势力，收其部众，削其棱角的目的。”
在此时的台湾岛上，设立一个东番卫，这倒是一个好主意，既能安排郑芝龙手下所谓的“十八芝”，又能开发如今的台湾岛，同时可以提前推动东南沿海的大移民。
想到这里，崇祯皇帝对还没发言的徐光启、李邦华、张惟贤说道：“李爱卿，孙爱卿所言皆有道理。你们几位有何想法，可一一道来。”
这时，徐光启说道：“陛下，如今郑芝龙所部归降，臣以为此是一天赐良机。臣闻闽海之外东番岛上，气候暖热，土地肥沃，而居民稀少，除却东番诸部落未开化之野人，全岛植被茂密，溪流众多，尤其适合垦荒耕作，实在是转移安置我大明饥民的好去处。
“如今朝廷增设闽浙总督，总领浙江、福建两省救灾赈济、募民屯垦之事务，不如令闽浙两省督抚借此良机，将沿海数十万灾民，移往东番岛屯垦，一来可以消弭闽浙饥民为乱，二来可以充实东番，有朝一日将其纳入大明版图。臣请陛下思之。”
徐光启的想法，正是崇祯皇帝此时心中所想的，后世的台湾人口达到了两千三百万，可见开发台湾的潜力有多大。
十六世纪末、十七世纪初的时候，整个大明的人口，也不过才一个多亿，而天下全部的流民，加在一起，也不过就是偏居在西北的三四百万人而已。
然而就是这三四百万的流民，最后却搞乱了整个天下。
如今若是找个机会，把这三四百万流民全部转移到东番岛上，岂不是两全其美，一来开发了荒岛，二来稳定了内地。即便是移民东番一百万也好啊，至少能够减少掉流贼一百万的兵源或者追随者。
这时军机大臣张惟贤说道：“陛下，既然已知郑芝龙等辈乃桀骜不驯之徒，朝廷授其官职，令其攻灭其他海盗，一来挫其锋，二来分其众，如此朝廷坐收渔利即可，待朝廷新军练成，届时若其真心归附，则听宣来京，若其非真心归附，听调不听宣，朝廷则可遣人灭之。如今若是大量移民东番，所移之民则为郑氏之民，无异于壮大此辈之势力，臣以为实数不智，请陛下慎行之。”
英国公张惟贤话音刚落，李邦华接着说道：“陛下，英国公此言虽有道理，但臣以为两害相权取其轻，两利相权取其重。如今募饥民屯垦东番，有其弊，也有其利。
“其弊正在于英国公所言，郑芝龙率众来归，正因为东番人少，生计艰辛，补给困难，移民屯垦可能正中郑氏下怀，其后恐越发难制。
“而其利在于，我内地饥荒严重、流民日多，此乃一大乱源，尽快移往东番屯垦，则天下安定可期。
“臣以为，其利远大于其弊。东番不过一岛尔，而且遥居海上，即使将来有一日郑氏作乱，其所据者不过一海岛，为祸不过一东南，然而流民一旦为乱，必是我大明心腹之大患。臣请陛下明察。”
这几个人话说到这里，其实已经说得很透彻了，各人的意见也已经充分表达了。
于是，崇祯皇帝随即命令内阁拟旨，授予来归之郑芝龙，为泉州海防参将，其部下头目郑兴、郑明、郑彩、陈晖、何斌等，分任南安、厦门、澎湖、北港等地游击、守备、都司职务。
同时，朝廷在东番岛上增设东番卫，以郑芝龙为指挥使，其弟郑芝虎、郑芝豹为东番卫指挥同知、指挥佥事，在东番从北到南分设五个千户所，以郑芝龙部下担任千户、百户等官职。
另外，开设泉州市舶司，以郑芝龙为泉州市舶司提举，命其收取过往闽海及停靠泉州月港之外国商船的商税，税银三解户部、七归郑氏，以海关税银为郑氏所部饷禄。
与此同时，传旨温体仁、熊文灿、郑芝龙，强制迁移闽浙灾民，渡海前往东番屯垦，凡大明百姓愿往东番乃至海外谋生者，朝廷一概不禁。
第二日，这几道圣旨，就被锦衣卫派遣人员，以六百里加急的速度，迅速传往福州。