鹿善继返京觐见的第二天，由军机处起草、内阁联署，皇帝批准用印的圣旨，就传达到了各相关部院，同时锦衣卫派出数队人马疾驰出京，到相关前往辽东、天津、登莱和东江等地传旨：钦命军机处参议、兵部侍郎、钦差巡盐御史鹿善继，加兵部尚书衔，总督辽东、天津、登莱、东江等地军务，并兼任辽东巡抚。
得到这个任命的时候，鹿善继其实还是有点小意外，这个小意外就是兼任辽东巡抚。虽然自己在辽东任职期间，对督抚同城，权力相互掣肘，也有意见，但这正是朝廷设置督师，又设巡抚的本意。
如今皇帝让自己把蓟辽督师和辽东巡抚一肩，固然说明了皇帝对自己的充分信任，但也同样会找来朝中文臣的猜忌乃至攻击。如果皇帝征求自己的意见，自己肯定不会兼任辽东巡抚，但既然诏旨已下，此时就算板上钉钉，也没有什么可说的了。
与鹿善继的任命同时下达的，还有关于王之臣、毕自肃的任命，王之臣由蓟辽督师转任朝廷新增设的两广总督，专门负责整顿两广海防和军备事务，并协理云贵总督朱燮元平定奢安之乱的粮饷事务。至于毕自肃当然也给了一个好差事，那就是两淮盐运使的大肥缺。
这样的安排，朝廷上下都无异议，而旨到之后，王之臣、毕自肃嘴上不说，但心里也是极其满意。这两个人不是没有能力，只是缺乏边才而已。
历史上王之臣也是个能臣，只是他是天启皇帝死前任命的蓟辽督师，崇祯即位后在辽事上非常想有所作为，而事实上当时辽东的情况又很难有所作为，所以王之臣与历史上的崇祯不太对路。
后来，听了袁崇焕的五年平辽说以后，崇祯皇帝马上就任命袁崇焕为蓟辽督师，而当时又恰逢宁远军卒哗变，毕自肃羞愤难当，上吊自杀，王之臣也随即被罢官削籍。这一世，这两个在明末历史上难得清廉如水的循吏，在如今这位崇祯皇帝的蝴蝶效应之下，他们的命运当然是迎来了截然不同的变化。
鹿善继接受新的任命之后，休息了数日，趁机在京师将家人亲眷安置好，然后带着孙钤等人再次踏上了前往辽东的征程。临行前，在孙承宗、张惟贤的陪同下，皇帝又召见了一次，详细地向他说明了朝廷今后在平辽问题上的基本战略，那就是东攻西守、水陆并用，整军经武、以待时机，告诉他大凌河城可以作为前哨，能守则守，不能守则弃掉，全力收缩力量守好宁锦防线。
同时，利用水泥混凝土重修广宁城，以广宁防备建虏西进，以锦州防备建虏南下，以宁远掌控辽东全局，至于广宁和锦州后方星罗棋布的堡垒，比如杏山、松山和塔山，则需要进一步加固扩建为城。这是辽西走廊的策略，主要以守为主，伺机进攻。
而毛文龙的东江镇，则以攻击袭扰建虏后方为主，在辽东半岛和鸭绿江以西地区开展游击作战，牵制建虏，疲惫建虏。
崇祯皇帝尤其特意告诫鹿善继，一定要与毛文龙搞好关系，密切配合，建虏攻击朝鲜或者东江镇的时候，辽东镇必须出兵牵制建虏。
皇帝的谆谆教诲，鹿善继自然放在心里，同时在辽东多年的他，对皇帝的战略也很认同，虽然他与袁崇焕一样，以平复辽东为志向，但他知道这个皇帝不好骗，所以他从来没想过为了获取皇帝的全力支持，而说出五年平辽的大话。