除了鹿善继，前往京营监军的文震孟、前往宣府监军的倪元璐，以及前往蓟州监军的施邦曜也都行使了密折奏事的权力，分别上了密折。锦衣卫和东厂也都很尽职，每人一式两份的密折，先后都到了皇帝的案头。
三个人密折的内容差不太多，都与发放军饷过程中发现的问题有关。
文震孟上任之后，先去了神机营。神机营是的历史非常久远，几乎与大明朝的历史一样长。
朱元璋占领南京之后，就开始重视发展和使用火器，当时他称吴王的时候，就已经有了一支以火器为主的jūn_duì ，大量装备了火铳、火炮、火箭等热兵器。也正是因为这一点，明太祖朱元璋在与张士诚、陈友谅的战争中才能屡次以少胜多，赢得最后胜利。
后来，朱元璋的部队在对阵以马步军和骑射为主的元军时，又是装备了热兵器的部队发挥了决定性的作用，尤其在北伐的过程中，大量火炮的使用，使得徐达和常遇春率领的北伐军取得了辉煌的胜利。
再后来，到了明成祖朱棣的时候，对火器的重视程度更高了，迁都北京以后，专门在京师设置了以火枪火炮等热兵器为主的神机营，当时的编制员额是五千人。
全营分为中军、左右掖和左右哨五军，共装备有“霹雳炮”三千六百杆，“大连珠炮”二百杆，盏口将军炮一百六十门，另有炮兵手持的“手铳”五百杆。
所谓的“霹雳炮”，就是步兵火铳，以后又改装鸟铳，再后来就是前装的火绳枪。所谓的“大连珠炮”，就是多管火铳，主要是“三眼铳”。所谓“盏口将军炮”，就是口径有盏口大小的野战火炮。至于“手铳”就是炮兵近战防身用的单发短柄火铳。
这是神机营成立之后相当长一段时间内的编制，随着成祖以后多位明朝皇帝对火器的重视，特别是蒙古人、女真人对北部边境的威胁凸显以后，神机营经过了多次的扩编，装备也有了很大的改进。神机营原来的中军、左右掖和左右哨也升格为营，分别升格为前后左右中五个营头，每个营头的编制都是三千人，总计一万五千人。
然后在万历后期以来的辽东作战中，神机营当然也是一抽再抽，不少精锐都战死在辽东。由于如今的火器装填、点火、瞄准等比较复杂，所以熟练的军卒比较难得，而大量精锐的损失，也不是说补充就能补充的。
所以如今虽然神机营仍是一万五千人的编制，但是五个营头缺额很多，即便是登记在册而且实有其人的，也有相当一部分要么是老弱病残的，要么是临时拉来滥竽充数的，这样的士卒占了如今神机营实有人数的四分之一还多，再加上缺额不补吃空饷的，至少三分之一的士卒要么是不存在的，要么是根本没有战斗力的。
这样的情况，当然令状元出身的文震孟极为震惊，一向自诩为天下精锐的京营居然是这个样子，完全出乎他的意料之外。然而即便神机营已经如此不堪，当他到了五军营这个以马步军与车营混编的京师主力军营地以后，更加震惊了。
左右马军营多是勋贵之家的纨绔子弟充任，前后步军营则看来了更像是乞丐队伍，至于中军车营则多是老弱病残，鼎盛时期编制十五万人的五军营，如今实有编制两万五千人，而且其中还不知道有多少冒名顶替的呢，即便如此当文震孟连发两天饷银之后，实际发出的军饷也只合得上一万八千人，另外七千人要么逃亡流失了，要么就是根本不存在。
三千营也是如此，这个在成祖时期编制三千，并以归化蒙古人为主的纯骑兵部队，也曾经是战力强劲的京营主力，鼎盛时期也人数曾经达到过七八万人，后来随着外来威胁的消长，三千营的编制也是忽多忽少，一度还曾更名为神枢营，如今三千营上报军机处备案的人数是两万人，而实际露面领饷的只有一万两千人，其中还多是老弱病残，这些原来以朵颜三卫内迁蒙古人为主的队伍，如今汉一点也看不出蒙古族朵颜部骑兵彪悍的样子。
就这样，文震孟带着锦衣卫和东厂押解饷银的随行人员，在京师三大营的驻地，先后驻守了半个月，到了登记领饷的最后期限，仍然有一万八千余人不见踪影。
京师三大营的坐营官当然也很尴尬，甚至也可以说有点害怕，毕竟如今的皇帝开始不好糊弄的，而且动不动就杀头抄家，过去高高在上的锦衣卫和东厂，也是说杀就杀、说抓就抓，将近六万人硬生生给清洗成不足四万人，另外两万人要么被杀头抄家，要么被抓了撵去挖煤开矿，当然了这所谓的两万人中也有大量的空饷存在，见不到人的也都是一律除名削籍，从此不再有粮饷俸禄了。