这一变化完全出乎了江南士绅的预料，他们本以为朝廷的钦差和以前一样都是给他们撑腰的，现在竟然对付起他们来？这让许多人都觉得措手不及，再加上此前洪承畴拒不见客的事情，这些人终于醒过神来，陛下这是打算拿江南士绅开刀啊。
在处置了几家做得实在过分，而且根基不稳的小士绅之后，其余的人马终于反应过来，他们当然不会束手就擒，又使出了老手段，撺掇商民、士子前去闹事，自己却躲在后面，另外弹劾的奏折向雪片一般朝京城飞去，只待洪承畴这边稍有处置不当，就把他拉下马来；甚至已经有人开始琢磨着新出一篇新的《五人墓碑记》来，好借此扬名。
然而洪承畴处置的手段却要比之前那些废物果断得多，他手上握有的实力也远非那些废物可比，上有陛下的信任，中有曹文诏、陈光福水陆两路兵马相助，下面的锦衣卫、东厂也已经忙碌起来，当即使出狠手驱散了闹事的士子、商民，抓住了为首的几人，毫不犹豫的革去了哪些士子的功名，并且永不录用，然后将他们监禁起来严厉拷问背后隐藏的主使。
这些士子之所以敢闹事，不就是仗着自己读书人的身份，一般的朝廷官员不敢处置么？挨了这样当头一棒后，他们顿时崩溃了，再想到没了这层身份他们将遭遇的下场，这些人不敢怪罪洪承畴，于是将仇恨转移到身后那些主使的身上，毫不犹豫的将他们供了出来。
而那些小商户和百姓，要么是被士绅所蒙蔽，将自己工坊的损失算到朝廷头上，要么是收了士绅的银子，对于这些人，户部的官员直接亮出江南最近纺织工坊的变化数据，而三法司出面言明他们冲击钦差衙门的罪责，小商户和百姓也屈服了，又一批士绅被牵扯到这件事中来，为洪承畴提供了大量的证据。
洪承畴手下这一千兵马终于有了用武之地，他们在锦衣卫和东厂的指引下，很快就包围了这些士绅的宅邸，将他们一网打尽，主使他人冲击钦差衙门这是什么罪责？这些人的下场不问可知，能保住性命去辽东和流求开荒就是好的了。
如此雷霆手段，直接把江南士绅打懵了，往日他们仗着自己的身份和财力在江南为所欲为，以为没人能对付得了自己，可现在一遇到来真格的，他们才发现往日的富贵不过是沙丘上的堡垒而已，根本经不起风吹雨打。
于是，一些人不得不向洪承畴表示了屈服，咬牙忍疼开始配合洪承畴的工作，而另一部分人则依旧不肯认输，勾结到一起试图同更加猛烈地手段对洪承畴进行反击。