就在日军联合舰队攻占珍珠港的第二天晚上，日军一艘侦查潜艇，中途岛海域发来消息，证实美军已经在中途岛撤退。由此南云中将很快取消了围猎中途岛作战计划。
与此同时，在台湾出发的偷袭舰队，在两艘航母训练舰的率领下，其8艘战列舰在潜艇、驱除舰掩护下，两艘大型运输舰搭载一支山地作战旅团，浩浩荡荡杀向菲律宾。两艘航母训练舰搭载105架作战飞机，其中九七鱼雷机36架，九九俯冲轰炸机35架，零式战斗机30架，4架侦察机。
两艘大型运输舰搭载一个旅团的山地作战部队，，人员大概有6000人这支担任进攻菲律宾的山地作战部队，就是当初参加太原会战的那支被打残的山地作战师团。太原会战结束后。这支山地作战师团拉到台湾休整，此次山地师团，出动一个旅团配合日本联合舰队发动的c作战计划，进行菲律宾登陆作战。
年初，日军南方占领军出动一个师团，在舰队的掩护下已经占领了越南，驻防在越南的法军已经整体向日军投降。因此日军联合舰队在制定攻占珍珠港计划的同时，同样制定了攻占菲律宾的计划。由于越南成为日军控制区，因此日军对菲律宾攻占，已经完全没有后顾之忧。
就在日本国内举国欢庆，大日本海军攻占珍珠港的喜庆之时，更大的喜讯接踵而来。美国国防部及时命令驻防菲律宾美军撤退，距离日军发动登陆作战仅仅相差一天，然而一天时间避免了美军的厄运。看样子美国人的务实思想，在危机状态下的反应迅速，为美国人避免更大的损失赢得了时间。坦率说美军大规模撤退，日本人是没有想到的。
现在我们抛开所谓的美国人制肘和威胁，剖析一下日本人的战略意图。其实日本内阁在年初便制定了以亚洲为中心的构建大日本帝国的狂妄计划，即大东亚共荣圈。发动侵略战争必然有一个华丽的理由，那就是欺骗和粉饰自己。1940年5月，德、意、日在柏林签订了三国同盟的关系，意为轴心国，而日本内阁也成立了以东条英机为首的主战派，其实轴心国的出现，也就意味着太平洋战争的爆发是必然的。
其实美海军及地面部队，在菲律宾的数量不多，日军联合舰队的目的就是全部消灭美军在菲律宾的海空和地面部队。眼下美军所有的军事行动，就是围绕撤军，避免太平洋上的美军遭受更大的损失。时下美军大西洋舰队，开始全力充当救援角色。
当日军舰队向菲律宾马尼拉军港前进的时候，接到撤退的美军火速开始行动。撤退命令下达后，马尼拉军港美军司令部反映很快，当时位于军港内的几十艘水面大小战舰火速开拔，并沿着菲律宾海岸绕向东部，他们有惊无险和日军舰队几乎擦肩而过，万幸的是没有被日军舰队发现。
其实日本间谍已经证实美军撤退，并且把消息发往了东京，可是前往菲律宾的舰队处在无线电静默，他们没有及时得到消息。而在菲律宾本土的驻防美军，他们迅速炸毁了所有的军事重要设施，开始向东部各大港口撤退，陆上人员通过菲律宾东部各大港口向关岛等撤退，然后再陆续向美洲大陆撤退。
若是日军大本营在第一时间判断美军的企图，恐怕美国人接踵而来的打击更惨，然而日军产生了误判，致使美国人安全的大撤退。究其原因还是日军大本营对轻松攻占珍珠港思想准备不足，给了美国人撤退的机会。
4月25日傍晚，当日军登陆舰队到达马尼拉海域时，他们接到联合舰队的消息，马尼拉港已经成为一座不设防的港口。接着日军舰队浩浩荡荡开进马尼拉港口，不费一枪一弹占领了港口。即便这样，美军地面部队仍然有大批人员正在向东部的港口撤退，日军登陆部队上岸后开始追击，但是鞭长莫及。
两天后，两天后袭击舰队接到联合舰队命令，开始向马来半岛挺进。日军大本营认为机不可失，马上展开a作战计划，攻占马来半岛，抢占马六甲海峡这条黄金水道。攻占菲律宾舰队将会和在海南岛待命的另一支舰队，浩浩荡荡向马来半岛杀去。
4月28日，日军攻占香港。接着日军大本营从新修改作战计划命令在台湾待命的15军调往海南岛，下一步将在泰国南部登陆，发动对缅甸的陆地进攻。伴随攻占珍珠港的凯歌，日军在东南亚迅速展开了大范围的进攻作战。
也许各位看官有些意外。日军发动南洋作战的司令官竟然是寿内寺一。太平战争的爆发，让他大难不死，因为东条英机非常看好他，由此此力排众议再次启用他。
4月30日，南云中将率领旗舰等四艘航母及第二潜艇部队，准备离开珍珠港，前往菲律宾。因为联合舰队司令官三本五十六命令他们，下一步要对美军的关岛、威克岛、英军的卑斯麦群岛、大不列颠群岛、新几内亚发动攻势。其实日军大本营并不知道美军已经决定放弃关岛、威克岛等军事基地，否则三本五十六会下令南云直接向关岛、威克岛发动进攻。