好景不长，虽然秘密组织隐瞒着她们的存在，但是随着她们年纪和实力的不断成长，变得叛逆无比，最终开始反抗这个组织，甚至攻击普通人类和生物。那个神秘组织也因为内忧外患几乎为此覆灭，而那三个原始女武神造成各项动乱后，则遭到了各门各派仙能者的追杀。因为实力的强大和对仙能者的知根知底，她们三个让仙能者们吃了很大的苦头，不少仙能者也在围堵中被杀。但是她们最终也寡不敌众，一个确定被杀，一个被封印，还有一个则生死不明。
但是神秘组织的资料，却流入了其他势力。各大门派也在暗中进行研制女武神，但是为了不能够让上次的动乱发生，他们发布共同的声明，以后对女武神的研发，必须给予她们本质上力量的约束。封印她们的力量，除非她们找到或者分配给她们契约者，才能够解除那些封印，让女武神的力量可以正常使用，而契约者也可以因此获得一定的额外力量。同时女武神可以通过吸收契约者的气息，补充或者加强自己的力量，前提是契约者自愿，契约者也拥有随时随地压制女武神的特殊能力。这一批女武神被称为初始女武神，但是其并没有形成规模，随着各大门派的衰落，便成为历史。
多年之后，新的神秘组织出现，他们在前人的基础上继续进行对女武神的研发。他们不再直接制造培育女武神，而是将女武神基因活化，再通过加入机械技术，以及不同的生物血脉，融合成半机械半生物的人造女孩，最后再将女武神基因注入她们体内，使得她们被称为女武神基因携带者，又称为基因女武神。她们同样需要契约者提供力量，而她们的契约者对她们的压制手段也更为轻松。（没有激活的叫携带者，激活并拥有契约者的，叫拥有者）
没过多久，当年生死未知的原始女武神复苏，并暗中观察这个世界，通过挑拨各个势力的关系，使得神武大陆再次陷入水火。不过在最后的战斗中，她还是死在了仙能者的手中。但是她死的时候，将自己的身体化为灰烬，使得自己的血融入云层，并随着暴风散布到大陆各地，被其血沾染的女孩子，一定几率成为了不完整的异变女武神，她们实力基础薄弱，多为普通女孩，所以她们更需要契约者的帮助。那一战之后，因为仙能者能量来源的行星动脉点被破坏，使得仙能者们暂时弱化，进入了低谷期。
顺带一提，基因女武神和异变女武神，与她们的契约者多成情侣关系，因为契约者男性的比例非常之大。如果契约者本身就拥有仙能者的修为，那么他们的搭档则被称为仙能女武神。