军司及行营另设都事、典书令多人，以李书堂等人充任。
此外，长山营、崇州步营及第二、第三水营在战时归浙东军司及行营节制。
当前明州府的民生政务等事都一律纳入军司及行营辖管，等梁文展来明州之后再行交接，在行新政之前，更紧要的是稳固上虞到嵊州的西线防线以及集中兵力，剿灭盘踞昌国、岱山诸岛的奢家残部。
当前，长山营、崇城步营及第二、第三水营等主力集中在西线，主要防备屯驻东阳、诸暨、会稽的奢家兵马。剿灭昌国、岱山诸岛奢家残部的重任，就落在仓促编成的浙东行营军头上，第一水营负责进行海路封锁及支援。
浙东行营军主要以海陵府军及浙东归附军为基础扩编而成，战力自然不能跟长山营、崇城步营这样的精锐步甲相比，但扩编后兵力多达一万两千余人。
龟缩于昌国、岱山诸岛顽抗的奢家残部仅四千余人，兵力又分散于七八个防寨里。浙东行营军能集中兵力，后勤也有保障，虽说伤亡在所难免，但各个击破的难度不会太大。
归附军要不要用，这历来都是为将为帅者需要重点权衡的问题。
奢家统治浙东的时间不长，恰如叶君安所说，诸家及民众归心者少，更多的人是屈从观望。攻浙以来，归附兵马差不多有四千人，比与海陵府军的人数还要多。这么多人马要是不用，安置也是问题，再者淮东的兵力也有所不足。要用来守戍城池，等奢家反攻过来，这些人马能不能让人放心，也是问题。
用这些人马去强攻昌国、岱山，一是使他们与奢家结下死仇，丢掉骑墙观望的心思，能尽心为淮东所用，二来用残酷的战事消耗归附军的实力，补充忠于淮东的工辎营兵。即使归附将领心思不定，但只要保证基层武官及兵卒能忠于淮东，也能保证整支jūn_duì 能掌握在淮东的手里。
从二十三日起，毛腾远等归附将领就率部从浃口出发，从老塘山港登上昌国岛，剿灭盘踞昌国等海岛顽抗不降的奢家残部。每一战，兵卒有所伤亡，浙东行营即从工辎营抽调健壮补充之。
毛腾远等浙东归附将校也晓得淮东的心思，再说淮东除了严格限制将校掌握jūn_duì 外，其他方面都很优渥，并无为难归附将校的意思，兵卒有伤亡，也一律以淮东军的标准进行抚恤，兵甲弓弩补充，也颇为充足。
在当前的形势下，毛腾远等将校也就放下观望的心思，尽力为淮东攻打昌国、岱山，希望能凭借战功作为投名状，尽快获得淮东的信任以确定自己应有的地位。驱使兵卒攻打奢家残部，格外的用心，战斗激烈程度，甚至要超过淮东军在西线的主力。
这种心态，倒与投降东胡的叛将一样。
二十六日，浙东归附军就以两倍的伤亡代价，攻下昌国岛最为重要的龙山寨，全歼据守龙山寨的奢家残部八百余人。二十九日，岱山主岛牛扼寨四百残卒打开寨门投降，收复岱山全岛。
不管江宁的沉默态度，林缚继续向江宁上折子，建议将岱山诸岛并入嵊泗，在海陵府下面增设嵊泗县。林缚以大横岛为县治所在地，以治嵊泗、岱山两地，荐陈恩泽的父亲陈雷为嵊泗第一任知县，以嵊泗作为淮东衔接浙东的要隘。
五月初二，韩采芝率部攻陷昌国岛东海岸的骐骥寨，至此完全剿灭盘踞昌国主岛的奢家残部。除了昌国东南几座地势险恶的小岛外，明州府以及东海诸岛全线收复。
绞杀奢家残部、打得格外激烈、伤亡也惨烈的浙东行营于五月上旬陆续返回明州、上虞驻防、休整。在韩采芝率部进驻上虞之后，长山营在敖沧海的率领，以嵊州城为基地集结，从落鹤山方向，对东阳等地的奢家兵马保持军事压制，周同率崇城步营在上虞休整近一个月后，回驻明州府东的浃口寨，打算以浃口寨为驻军进行扩编，然而配合水营，继续往南扰袭浙南、闽中沿海。
在淮东第二、第三水营的强大军事压力及不断扰袭面前，奢飞虎终于在五月上旬，下令用沉船、暗桩在曹娥江以西的钱江、山阴江以及鉴湖口封锁水道，放弃用浙东水师残部反攻明州府的可能。
从曹娥江往上，钱江水道仅三四里宽，江底又有沙坎，不利淮东战船进入作战。在奢飞虎大规模用沉船、暗桩封锁水道之后，淮东水师战船西进就更加艰难。
奢飞虎在西面封锁水道，淮东军也不甘示弱，与浙北配合着，也用沉船、暗桩对钱江水道进行加倍的封锁，彻底将浙东水师堵死在钱江上游。
钱江水道被封之后，水营在钱江里的作用给削弱到极低，一切都只能取决步营在陆上分出胜负之后，才能清除障碍重新打开水道。当然，淮东水营主力也能从钱江的军事对峙里抽身出来，加强对浙南、闽中沿海的打击力度。: