童贯见状，又下令挑选一批死士，在城墙下挖掘地道，试图潜入城中，偷袭破城。
方腊军早有准备，在城中埋下大缸，遣士兵日夜监听，守株待兔，一发现异常便用长枪戳、巨石砸，再而引水淹浸，宋军死伤一大批精兵，却无机可乘。
方腊在杭州坚守了二十多天，双方经过数十次激战，都讨不了便宜。宋军没能攻进杭州城，方腊也没能击退宋军。
三月二十五，童贯手下大将王禀领兵绕过杭州，从西的余杭直插杭州西南的富阳县，即将截断方腊军的后路。
方腊枢密使吕师囊遣镇国大将军厉天闰在富阳县西部设下阻击阵地，以一万人马挡住王禀的一万五千人，双方发起猛烈的攻防战。宋军在王禀的率领下，不断逼近富阳城，同时，不断地袭击方腊的后方补给线。
形势急转直下，方腊在杭州城内守军的补给大幅度减少。更令方腊不安的是，据探子回报，钱塘江出现了四十多艘商船、平底沙船在这几天溯河而上，不知其目的为何。方腊的丞相方肥担心这些商船是宋军的运兵船，更担心这些商船运载宋兵从富阳县的东面进行袭击，从而把圣教的后路截断。
这不是胡乱猜测，早在前些天，方肥想要征用钱塘江的商船运输一批财物回睦州，再从后方运些粮食等补给，可派出去的人回报说钱塘江两岸的船只全都不见了，连捕鱼的小渔船也一艘都见不着。这让方肥大吃一惊，一种不好的直觉涌上了他的心头。又过了几天，就看到了一批商船从杭州湾向富阳驶去，方肥就不再迟疑，立即向圣公方腊汇报……
却说朱武、李俊。就在童贯的东路大军由王禀分兵向西绕道当天，朱武、李俊便派出大量人手，四处散播方腊乱匪要来抢掠船只的消息，短短的一个上午，钱塘江上大大小小的商船、渔船、渡船，平底沙船、摇艪、楼船、艨冲全都消失无踪。一天后，连富春江上的大小船只也全都不见了。
老百姓最实际了，若是连吃饭的家伙都不看紧了，这不是脑子有毛病吗？谣言一出，在水上讨生活的人都逃得远远的。
方肥把宋将王禀绕路强攻富阳县，镇国大将军厉天闰连连败退，大军后路岌岌可危向方腊禀报，又把钱塘江前些天江面上船只全部消失，今天却突兀地出现了四十多艘商船的怪异之事说了出来，多层因素叠加在一起，方肥得出了宋军将堵住后路，前后夹击的结论。
圣公方腊大吃一惊，急召尚书王寅、枢密使吕师囊、皇侄方杰、中枢令娄敏中及守城护国元帅司行方一同议事。
这个方腊所谓的内阁听了各种综合情报后，都默然不语，方腊长叹一声，索然道：“丞相，安排一下撤离事宜吧。”
方肥、王寅、厉天闰、娄敏中等人相互对视一眼，一齐躬身行礼道：“遵圣公法旨。”
方肥、吕师囊、司行方立即联手制定撤离计划：杭州城由两浙四龙之一的翟源统领一万精兵与一万摩尼教徒、十万被洗脑的百姓继续坚守；由方腊率亲兵与一众高官及亲属共八千人先撤离，过了一天之后，枢密使吕师囊领两万精兵护送这次杭州搜刮得来的财物随后撤离，护国大将军司行方率剩余的兵马殿后。
整个安排也算是颇为稳妥，无论是保护圣公，搬离财物还是保存摩尼教的实力都安排得有条有理。当然，前提是翟源率领的守城部队不会太早崩溃。若是杭州城在方腊撤离不久便被攻破，宋军趁势掩杀，即使方腊可逃脱，那些财物也定会损失不少，而殿后部队则是吉凶难测。