四合院的正房一般三间，大四合院的正房可以为五至七间，坐北朝南，是一家之主的居所。正房的明间（即中间一间）称为堂屋，也称为中堂，三开间的正房堂屋两侧是卧室和书房。
正房的特点是冬天太阳能够照进屋里，冬暖夏凉。通常在明间正中排放一八仙桌，桌子两旁设两把椅子，在墙上挂着一幅画和两副条幅，或挂四幅中堂画。
东西厢房是子孙们的住房，也常是三间。
以东厢房为尊西厢房为卑，四合院东厢房一般住长子长媳，因此在建筑上东西厢房的高度有着细微的差别，东厢房略高西厢房略低，但由于差别非常细微因此很难用肉眼看出来。例如某地四合院的东厢房比西厢房高二寸。
而某地，西厢房夏季西晒，冬季直接受到西北冷风吹袭，所以不宜居住，陕西四合院东厢房多被富户用来存储粮物，或作厨房、马厩。
正房两侧的两间房间高度低于堂屋，且布局颇似人的双耳，故而被称作耳房。如果院子狭长，厢房通常也会有耳房，通常是平顶的，因此厢房的耳房被称为盝顶。
后罩房通常是最里一进院子的，靠近院落边界的房子，通常主人的女儿居住。后罩房和正房朝向一致，坐北朝南，其间数一般是和倒座房相同，以尽量添满住宅基地的宽度。后罩房的等级低于正房和厢房，其房屋尺度及质量相比而言都稍差。
群房，又称裙房，通常在院子的东侧或西侧的一排房子，作为厨房和仆人住宅。
四合院里的廊是有顶的建筑，用于下雨雪时行走，分为檐廊和游廊两种，前者是指正房和厢房前面有顶的走廊，顶通常是屋檐延长出来的；后者是指沿墙的廊（抄手游廊）和连接正房与厢房的走廊（穿山游廊）。有的檐廊和抄手游廊用窗户封起来，成为室内环境，称为暖廊。
《红楼梦》中有在林黛玉初进贾府时，有如下描述：“众婆子步下围随至一垂花门前落下。众小厮退出，众婆子上来打起轿帘，扶黛玉下轿。林黛玉扶着婆子的手，进了垂花门，两边是抄手游廊，当中是穿堂，当地放着一个紫檀架子大理石的大插屏。转过插屏，小小的三间厅，厅后就是后面的正房大院。正面五间上房，皆雕梁画栋，两边穿山游廊厢房，挂着各色鹦鹉，画眉等鸟雀。”
四合院除了内宅、外宅的主要院落之外，还会形成一些小的院子，如正房两旁耳房前的小院，以及外院两侧被屏门隔开的小院。
内宅的院落中有正南北十字形的甬道，老北京的住户大多会在院子里栽上树，除了松树、柏树和杨树等因为多种在坟地而不能栽种外，其他各种树木都有种植，过去北京有民谚：“桑松柏梨槐，不进府王宅”，说的就是在庭院种树的禁忌。比较常见的树木有枣树、柿树等，花木主要有牡丹、芍药、玉兰、丁香、海棠、紫藤、石榴等，在四合院内种枣树、石榴树寓意“早”生贵子、多子多孙，种柿树表示事事如意，种丁香、海棠，表示主人有身份和有一定的文化修养。
此外民间还有养鱼的习俗，多用直径为60到70厘米的鱼缸养着各色的鱼并种着荷花，冬天鱼缸还能用来存放食品。
夏天时分，天气炎热，还可在庭院中搭设天棚遮阳，有“天棚鱼缸石榴树，先生肥狗胖丫头”的俗语，就是某地书吏人家的生活写照。