再三年之后，艾伦同调查兵团众人一道，在叶莲娜等人掩护和清美的资助下得以隐瞒身份渡海造访了马莱大陆。艾伦遇到了在即将被他救过一次但也会被他发动的地鸣所杀死的男孩拉姆吉，想要反抗未来记忆不去救他，但依然不由自主的救了他，从而明白自己看到的未来注定无法改变，半生追逐自由的艾伦陡然发现一切从最初就已经注定，自己生来就是自己一直最讨厌的不自由的家畜而崩溃痛哭。
兵团众人眼界大开的同时，一个残酷的现实也摆在了他们眼前：哪怕是愿意为保护岛外尤米尔子民的人权发声的人士,也将帕拉迪岛人指为除之后快的恶魔。世人对帕拉迪岛的仇恨已然无可消弭。
确定未来已然注定的艾伦独自离开了众人。
大闹马莱
和调查兵团分离后，艾伦取 “克鲁格”为假名，扮作一个失去了记忆和一条小腿的艾尔迪亚伤兵潜入了马莱的雷贝里欧艾尔迪亚人收容区。期间结识了善良的少年法尔克·格莱斯，给予在战士候补生训练中受挫的法尔科鼓励而受到了他的尊敬，得以让法尔科替艾伦寄出了数封信件，一方面向调查兵团传达自己的计划，另一方面试图和异母兄长吉克取得联络。在此期间，他也巧遇了一位老医生-正是格里沙的父亲，也就是自己的亲祖父，仍以“克鲁格”的假名和他座谈，但最终祖孙并未相认。
之后，兄弟二人见面时，艾伦假意接受了吉克的“艾尔迪亚人安乐死计划”。在马莱国实际统治者，“战锤巨人”持有家族的威利·戴巴集结世界各国政要，号召合力剿灭帕拉迪岛的演讲当晚，艾伦让法尔科将莱纳请到演讲会场旁一栋居民楼的地下室中谈心。
长期被愧疚和压力折磨的莱纳跪倒在艾伦面前忏悔，请求艾伦杀掉他。艾伦似有和解原谅之意，但听着窗外戴巴将艾伦·耶格尔指责为祸乱之源的慷慨演讲，艾伦还是决定要战斗到底。于是艾伦变身巨人，大闹演讲会场，杀死了威利及在场众多政要和平民。
此时戴巴家族真正的巨人之力持有者——威利之妹变身“战锤巨人”与艾伦交战。预先潜入的调查兵团，马莱方的野兽巨人，车力巨人，颚之巨人和战士队队长迪奥·马加特的部队纷纷现身参战。阿尔敏在马莱港口变身超大型巨人的爆炸摧毁了马莱舰队，断了收容区内马莱军的后援。
激战后艾伦找出了战锤巨人的本体，但其被保护在和阿妮相同的高硬度水晶中无法吞噬。战斗中艾伦发现颚之巨人的牙和爪能够破坏水晶，在三笠的配合下用颚之巨人之牙作夹子咬碎了水晶，得以吞噬战锤巨人。另一边野兽，车力巨人也在兵团的围攻下败下阵来。
正在艾伦试图将颚之巨人一同吞噬时，原先丧失斗志的莱纳以未覆盖铠甲的不完全巨人化姿态现身，虽被艾伦一拳打倒但同时抢回了颚之巨人。此时艾伦也耗尽了力气，和三笠一同登上飞艇撤回帕拉迪岛。由于本次的潜入行动是艾伦的独断专行，裹挟着兵团配合其擅自行动，飞艇上利维兵长和同伴们并未给艾伦好脸色。同时，马莱的艾尔迪亚战士候补生少女贾碧·布朗（也是莱纳的表妹）和法尔克在无人注意下登上了飞艇。对艾伦的虐杀满怀仇恨的贾碧枪杀了104期的萨沙·布劳斯。艾伦询问了萨沙的遗言，得到答案后，发出了莫名的笑声。
返回帕拉迪岛的艾伦因违反军纪再一次被关了禁闭，韩吉前来探望时，艾伦威胁道可以凭借新获得的战锤巨人之力随时离开禁闭室。韩吉感到对艾伦束手无策，十分头痛。艾伦在马莱初战的大捷极大地鼓舞了岛内的激进派。大量民众拥在总统府前要求释放艾伦。
以扎克雷总统为代表的高层因艾伦难以掌控，流露出另寻他人继承艾伦的巨人之力的想法。这时数名拥护艾伦的激进新兵用炸弹暗杀了扎克雷总统，艾伦此时也终于利用战锤巨人的能力破墙逃走，和以弗洛克·福斯特为代表的激进士兵群体会合，组成“耶格尔派”。
另一边，在马莱之战中在众目睽睽下本体被利维炸死的吉克，实际上随着调查兵团登上了飞艇被带回岛内，被利维带队囚禁在巨树之森，耶格尔派的首要目的就是促成兄弟俩的会合。韩吉率调查兵团前往希甘希纳的军部调查耶格尔派的动向。抵达后，艾伦和数名耶格尔派士兵突然出现，威胁三笠，阿尔敏和在场的贾碧共同上桌谈话。谈话中艾伦声称三笠和阿尔敏是他最为厌恶的“奴隶”，令三笠和阿尔敏伤心至极。
阿尔敏怒不可遏之下和艾伦发生斗殴后不了了之。尔后，耶格尔派占领了军部，除韩吉被挟持带领前往吉克的囚禁之地，其他调查军团的成员则被囚禁。而后，艾伦要求贾碧用无线电向马莱军求援。此时事先潜入的车力巨人皮克突然出现，用枪威胁艾伦。然而艾伦毫不畏惧，反过来对皮克进行威慑。皮克看似屈服于艾伦的威慑，向他坦白自己也是为了保全家人，实际上也打算反抗马莱，并要向艾伦指明其他的马莱间谍，让艾伦到屋顶上去。
艾伦登上屋顶，潜伏在楼下人群中的波尔克·加里亚德变身颚之巨人从下方破墙突袭，咬掉了艾伦的双腿。艾伦当即变身巨人。天空中驶来马莱军的飞艇，莱纳和其他马莱战士空降而下。局面变成艾伦对战车力，铠甲，颚三体巨人。艾伦利用战锤巨人之力生成地刺以对抗铠甲和颚的围攻。车力巨人搭载武器在远处狙击艾伦的头部使艾伦陷入被动。然后，野兽巨人突然在城墙上方现身支援，向艾伦身边二巨人投掷石头攻击。
在吉克投石攻击掩护下艾伦开始向希甘希纳大门移动。莱纳，波克则全力追击，力图阻止耶格尔兄弟发生接触。此时吉克突然被马加特射出的反巨人炮弹击中后颈，本体被削去大半身子而坠下墙头。陷入危机的吉克发动了“吼叫”将被暗算而饮下其脊髓液的岛内军方高层，以及偶然饮下脊髓液的法尔克变成了听命于自己的无垢巨人。
莱纳见此悲愤地对艾伦发动猛攻。艾伦则咬住莱纳的手臂后发动全身硬质化将其困住，本体则从后颈处脱离，向城门处的吉克奔去。就在兄弟二人近在咫尺之际，一旁的贾碧捡起对巨人狙击枪向艾伦开火。子弹击中了艾伦的脖颈，头颅就这样飞了出去。
天与地之战赶在艾伦完全死亡之前，吉克伸手接住了艾伦的头颅，始祖巨人和王血巨人的接触终于完成。艾伦的意识在一处异空间内苏醒，在那里等着的的是被锁链束缚在地上，须发皆长的吉克，以及一根通天光柱。吉克称那光柱即是坐标，而此处则是“道路”。
此地没有时间的概念，吉克在此等待艾伦的苏醒，经过了似刹那又似永恒的漫长岁月。此时坐标中走出一名少女，吉克称那便是始祖尤弥尔·弗里茨，要艾伦命令没有自主意识的尤米尔将全部艾尔迪亚人绝育。艾伦此时终于道出他配合吉克仅是为了到达此地，转而向尤米尔求助以达成自己的目的。
但尤米尔却不理会艾伦向吉克走去。吉克也挣脱“不战之约”的锁链站起身来，称尤米尔只会听命于王族血裔。吉克令尤米尔造出锁链缚住艾伦的双手，虽然艾伦的背叛令吉克失望，但吉克仍打算拯救“被父亲洗脑的弟弟”，为此要让艾伦认识到格里沙童年对其进行的洗脑。
于是兄弟二人通过道路，进入了格里沙过去的记忆。在格里沙的记忆中，兄弟二人以幽灵般的旁观者的视角观看着格里沙进入墙内后的生活轨迹。艾伦惊讶地发现格里沙其实在艾伦婴儿时便已查清了雷伊斯家的秘密和地窖的所在，却为了新的妻儿的安稳生活而搁置了复权派的理想。而吉克也得知了格里沙其实一直挂念着他，对过去的作为心怀歉意。恍惚间记忆中的格里沙看到了一旁观看的吉克，但一时间被当成了错觉。
在吉克为这幅光景大为动摇的时候，艾伦催促吉克前往下一处记忆。兄弟俩一直看到艾伦九岁，吉克终于明白格力沙并未给艾伦灌输其复权派的思想，而是让艾伦自由地成长。艾伦的所作所为完全是出于自己对“自由”的执着追求。