“炼金术”这一词源于古代希脂语，本意其实与黄金无关，而是指“向神圣的转化过程”。
简单来说，炼金术的终极目标是追求“完美”。
贵重杂质少性质稳定的黄金被认为是金属的完美形态，而人类的完美形态则是——永生。
炼金术就是要让普通之物朝完美的方向转化，而这种转化的催化剂，就是贤者之石。
所以传说中的大炼金术师尼可·勒梅说：炼金术真正在“炼”的并非黄金，而是贤者之石。
若有人成功把普通金属变成了黄金，就说明贤者之石已完成，永生也就近在眼前了。
而这位尼可·勒梅就是那颗传说中能将一切金属变成黄金，还能用来提炼可以长生不老的万灵药的魔法石的制造者。
尼可·勒梅不是小说的原创人物，而是真实存在于14世纪的欧洲的炼金术师，算算时间，如果尼可·勒梅现在还活着的话，应该已经六百多岁了。
兔川在时钟的齿轮的轴承里发现一封信，是建造这座黄昏公馆的宇佐见家主留下来的。
信中的大致内容是说，那位宇佐见家主是一位炼金术师，他想用炼金术复活自己的妻子，也就是乌丸莲耶的姐姐，但是他失败了。
信里还写出了人体炼成术是绝对的禁忌，作为复活妻子的代价，他付出了自己和儿女的生命。
因此，为了防止自己的后代误入歧途，他一把火烧掉了所有有关炼金术的资料，只给后代留下这座黄昏公馆，和那颗未完成的贤者之石。
最后，他在信的结尾写道，只有他的后代才能看到这封信上的文字，他很高兴自己还有血脉留存于世。
兔川把贤者之石放在一旁……还是放在口袋里比较保险。
兔川拿起时钟的表盘仔细观察，果然看到了画在表盘的背面的炼金阵，只要按照暗号拨动指针就能激发贤者之石，便能启动这个的炼金阵将一切金属变成黄金。
而且不止如此，兔川发现黄昏公馆的墙砖不是普通红砖，而是用不知名金属矿制成的金属砖，砖块里混了辰砂，就是朱砂，也是用来提取水银的硫化汞，所以墙砖才会呈现出砖红色。
因此，贤者之石不仅将时钟变成了黄金，还将黄昏公馆里所有的金属，包括黄昏公馆本身都变成了黄金。
这本该是一场声势浩大雄浑壮丽的炼金工程，但贤者之石却没想到，它竟然在这个深山老林遇到了一生之敌——柯南！
如此一来，柯南的柯学光环的制约了贤者之石的能力，但基德的存在又压制住一部分柯学光环，所以当柯南启动机关后什么没有出现，就掉地上一个装作贤者之石的黄金时钟。
当时，贤者之石一定害怕极了！
而当柯南彻底离开黄昏公馆后，贤者之石才后知后觉地完成黄昏公馆的黄金炼成仪式。
不过既然兔川来了，兔川可不会让以上这些事情发生。
俗话说得好财不外露，黄金公馆的秘密自己偷着乐就行了，兔川可不想张扬出去。
兔川让萩原研二去外面买些砂纸回来，他打算改造一下这个时钟，什么炼金术啊，要什么黄金公馆啊，到时候给那群侦探们留一个黄金时钟就得了。
兔川又指挥白鸦去找来纸笔，然后兔川把表盘背面的炼金阵描写在纸上，画了一个一模一样的小小炼金阵，紧接着用砂纸把表盘背面的炼金阵打磨抛光。仟仟尛哾
兔川看着光滑如初的表盘，满意地点点头那个炼金阵。
紧接着兔川把自己拆掉的时钟一个零件接一个零件地组装回去，除了那颗贤者之石。
然后兔川把时钟放在纸上的小小炼金阵上，又拿出那颗贤者之石。