嘉靖最后还是没有将此事下部议，而是令内阁辅臣和部臣继续举荐善于治水的臣子，同时将内阁三位辅臣都留下来。
嘉靖有些担忧的说道：“诸位，现在河决，以致漕运梗阻，大批漕粮在淮安府不能发运，而辽东又嗷嗷待哺，如之奈何？”
眼下这样的情形确实是有些麻烦了，因为现在已经入秋，一旦入冬，运河就要封冻，不能行船，即便是修整好河道，也要等到明年再说了。
严嵩说道：“陛下，而今之计，唯有一面遣能臣从速治河，尽快恢复漕运，一面继续从东南自海运发运漕粮至天津和辽东。”
虽然嘉靖对于海运一直有些不一样的看法，但是嘉靖很清楚，现在只能依靠海运了，所以嘉靖思考了一阵说道：“那就传旨南直隶，令南直隶总兵戚继光组织海船，准备运送漕粮。”
幸好现在时间还足够，否则一旦入冬，海运也无法施行了。嘉靖吩咐内阁要严令南直隶加快运送漕粮，同时责令河道、漕运以及相关的州县迅速恢复漕运，抢运漕粮。
嘉靖等到辅臣们都走后，再次拿出朱载坖的奏疏看了一下，现在嘉靖对于朱载坖所说的恢复海运确实有些心动了，运河的屡次梗阻，让嘉靖极为烦心，不仅要投入大量的金钱，现在还涉及到祖陵的安危，实在是让嘉靖有些头大。
虽然运河一直是朝廷的命脉，运河沿线地势高低不一，从而决定了河运无法完全自南向北顺势而行。除此之外，南北流向的大运河又受长江、黄河、淮河等东西流向水系的阻截，这些自然因素给河运带来了重重困难。尤其是黄河，其善淤、善徙、善决的特点成为南北河运途中最大的障碍。
嘉靖以前，不少治河名臣的目的都是治河保运，而眼下还有护陵的重任，黄河与运河的矛盾进一步激化，黄河开始频繁侵入运道致使运道淤塞，虽然大臣们提出了各种建议，但是还是没办法从根本上解决这个问题。
嘉靖再次看了朱载坖的奏疏后，在上面批道：运河不可久阻，海运不可独恃。所欲言者，密疏奏来。写好之后，嘉靖让黄锦就这份奏疏交给朱载坖，让朱载坖回奏。
朱载坖收到嘉靖的御批之后，心下了然，嘉靖现在已经有所动摇了，但是嘉靖肯定还是倾向于河漕的，毕竟看起来河漕可比海运风险低多了，但是嘉靖在御批中已经流露出来可以接受海运了，但是嘉靖还是希望以河漕为主，海运为辅。毕竟在嘉靖的心目中，海运不仅风险大，而且耗费不菲。