嘉靖以外藩入继，与宦官的关系较为疏远，所以在继位之初，就惩处了一批在前朝恶迹昭彰的内官，作为树立威信的手段。加之自嘉靖二年以后，军镇中频繁发生士兵哗变的事件，镇守内官在军镇中侵占屯田、私役军士的恶行被公之于众，文官团体趁机发力，不断向嘉靖上疏，陈述宦官出镇之害。
嘉靖九年八月，巡按云南御史毛凤韶上疏， 请求裁撤云南镇守太监，获得批准。有鉴于此 ,各级官员纷纷上奏，请革内臣。 在得到嘉靖批准后，各地裁撤镇守宦官的工作陆续展开，直到嘉靖十八年五月, 朝廷下令，命所有镇守内官其尽数取回，自后永无遣之，镇守内官制度就此终结，九边军镇正式进入文官领导的时代。
现在不仅是总督凌驾于总兵之上，巡抚、巡按每于年终各开总兵武臣贤否揭帖，从兵部奏请考察，总兵官的去留很大程度上要受到巡抚巡按的影响。
朱载坖在给嘉靖的密疏中说道：今各边总兵、廵抚，遇一敌、出一军、赏一有功、 戮一不用命，皆不得自专，必须奏请，事由中制，而欲责之成功，不可得也。
不光如此，分守、分巡等官员的权力也得到加强,又有兵备道、督粮道等官，一个 不断调整、扩大、完善的文臣领导系统在九边地区确立, 形成总制、总督节制数边, 巡抚、总兵文武分制, 文官系统下设守、巡、兵备诸 “道 ”，武官系统 下设副总兵、参将、游击的格局。
而总兵官的地位就十分尴尬了，在上面，有督抚大员的直接领导，还有巡按御史的监督，而在下，副将、参将也对总兵形成了制约。
尤其是副将，是令总兵官最尴尬的存在，总兵而下又有副总兵，加以协守职衔，则事权隆重，则与总兵相等，本来按照朝廷制度，副总兵的职责，主要是协赞总兵整理军务，镇守地方，受总兵节制。但是实际上，总兵与副将之间互相争夺权力的事情是极为常见的。
原因也很简单，因为由于总兵、副总兵只是差遣，而非官职，而往往总兵与副将之间的官职几乎差不多，要想副将俯首听命，这就很难了，而且有时候朝廷还会故意制造这种职务差异，由都督同知充副总兵，而总兵的本官仅为都督佥事，这就会使得总兵与副将之间的上下级关系模糊。
朝廷希望副总兵能够去平衡总兵的职权，因此对于那些敢于争权的副总兵，通常是降敕训斥一番，或是调离该地区改派别处，不会进行严厉的处罚。这就更加刺激了副将们和总兵争权的欲望了，朝廷也可以借机削弱总兵的权力。
长此以往的后果就是总兵官威不振，官军屡战屡败。