商量完了这些士子的事情，嘉靖和严嵩自然而然的谈到了佛门的问题，朱载坖在奏疏中也谈到了对于佛门的处理办法，和严嵩想的一样，朱载坖也是建议清丈寺院土地，照民田加重收税，寺院的人丁也要加重征收均徭银，对于这点，无论是嘉靖、严嵩还是朱载坖，看法都是一致的。
而且就是朝中的官员，也不会对此说什么的，事实上朝中的官员们对此事早就有上疏了，朝中官员始终不乏抵触佛教之人。 他们认为佛教作为一个出世的宗教，不仅无益于社会，又广占田地，坐食其利， 损害了朝廷百姓的利益。
为此，不少官员甚至多次上疏，要求抑制佛门，甚至有人把东南的欠粮归结到寺院里去。
不少官员总结东南的欠粮时，认为东南的欠粮原因是：当寺僧之售田于佃戸，或献于豪族也，原以寺田，略得微价，及豪强转售于他姓，则竟作民田，售之猎取高价矣。盖寺田纳仓纳条之外尚要纳饷，故其价贱，而民田则有条仓而无饷，故其价贵也。于是买得寺田之人，俨然以民田自命，寺僧问之索饷，则出卖为契据，谓此民田也， 安得有饷，额之多逋寔在于此。
但是无论是嘉靖还是严嵩都很清楚，东南欠粮的问题，原因根本不在寺院而在于豪强。但是寺院的田产确实是应该处理了。
之前胡宗宪和赵文华就联名上疏，要求朝廷对寺田征税：寺田子粒之归本僧者，轻而利倍之。故豪有力者乘僧徒不肖，阴据其产。 沿袭钦赐名色，占至数千亩外，自收子粒究之利不在上，亦不在僧，仍为势豪所侵匿。今边饷匮乏，民田加赋矣，军产倍征矣，甚而宗藩世禄， 尚且以世?杀，寺田岂宜白占合无？令地方官稽查原额若干亩，照民田起税征租，以其半归本寺半充军饷，则率土作贡永无不毛之弊矣。
当时嘉靖和严嵩出于稳定东南局势的考虑，并没有立即答应此事，但是现在朱载坖在东南做的颇有成效，而且已经逼佛门低头了，那嘉靖也不得不有所动作了。
嘉靖对于严嵩说道：“惟中，拟旨，清丈全国寺田，照民田起科，所有僧人，都缴纳均徭银。”
严嵩赶紧领旨，对嘉靖说道：“陛下一片慈爱，老臣佩服。”
嘉靖此举，就是替朱载坖分担火力的，眼下朱载坖在东南同时收拾佛门和士绅，肯定会有人记恨的。嘉靖抢先以上谕的形式向天下昭告对寺院征收赋税，就是将此事揽到自己身上，减轻朱载坖的负担。这样一来，朱载坖在东南打击佛门，就是就是遵照嘉靖旨意行事，而不是朱载坖打击了佛门之后，再行请旨。
这样一样，就相当于嘉靖为朱载坖在东南的事情背了书，有谁对朱载坖在东南的行为不满的，大可以找万寿帝君聊聊，看看陆少保的北镇抚司是个什么去处。
在这一道诏书后，严嵩以内阁首辅的身份，向嘉靖上疏，请求重申太祖祖训，诸人皆许直言，为生员不许。要求在全国的学校之中重申太祖祖训，同时严令各地长官和学政、巡按等官员，一经发现士子结社，即行捕拿，革去功名，照律令治罪。
嘉靖当天就批准了严嵩的奏疏，同时明发天下。朝廷的官员们很清楚嘉靖和严嵩这一对君臣，他们演这一出双簧，其实就是为了给远在东南的朱载坖撑腰，这两道的上谕的意思很明确，裕王在东南的行为，都是嘉靖的意志，也都是嘉靖允许了的，谁要是敢对此发表不满，那就是挑战嘉靖的权威。
这么多年以来，挑战嘉靖权威的人，下场是什么样的，大家其实都看在眼里。