朱载坖觉得，流放对于他们来说确实是个好办法，如果说在其他时代，流放并不算是特别严重的刑罚的话，在嘉靖朝，流放绝对是非常狠辣的。
典型例子就是杨慎，他因为带头组织左顺门之变被嘉靖流放云南，嘉靖十七年，杨慎已经被流放十四年，礼科给事中顾存仁上疏，请求赦免杨慎等因议礼被贬谪戍边的大臣。但是嘉靖极其厌恶他，下令将他廷杖六十下，并贬其为庶民。
因大礼议的缘故，对杨廷和、杨慎父子极其愤恨，常常问及杨慎近况，大臣则回答杨慎“老病”，嘉靖才稍觉宽慰。杨慎听闻此事，更加放浪形骸。常纵酒自娱，游历名胜。 整个嘉靖朝一共有六次大赦，杨慎最终还是没能回到家乡，按大明律年满六十岁可以赎身返家，但无人敢受理。 杨慎就一直得在流放地云南。
朱载坖觉得，将这帮士子们流放到辽东去或许是个不错的办法。这样的话，可以变相打击朝廷上东南士绅的势力，削弱东南士绅们在朝堂上的影响力，同时将他们流放到辽东去，也可以增加辽东的汉人，加强朝廷对于辽东的控制。同时这些读书人的北迁，可以增加北方人考中进士的比例，变相平衡朝局。
朱载坖认为这个提议非常不错，当然，在其中挑头闹事的，朱载坖是肯定要加以显戮的，否则就无法震慑这些士子。
朱载坖将自己的看法写成密疏，用急递直接送抵西苑。
同时，朱载坖开始在南京和整个南直隶查禁会社，这下南直隶的这些士人乖觉的很，不敢再像之前那样的直接和朝廷对抗了，但是朱载坖很清楚，这样的雷霆手段，能够一时管用，但是不能长久见效，要想彻底的禁绝士子们结社，还需要建立一整套的机制来防范打击这些士子们结社行为。
在这点上，大清是做的比较好的，朱载坖觉得直接借鉴就可以了，大清鉴于大明的士子结社，引起党争和社盟之弊，屡颁禁盟法令。顺治刚刚入关，就下旨称：士习不端，结订社盟，深为可恶，着严行禁止。
由于这些会社身处于民间，藏匿于市井，朝廷就算是要想打击，也很难着手。大清的皇帝采取政治教化和严厉打击相结合的手段，和以密治密的方法对付这些结社。朝廷对于结社组织成员的时候也采取一种对首领以谋大逆罪来惩处，对普通的参加者能去邪归正者，概与宽免。
同时明确提出黜异端，崇正学，强调伦理纲常等一系列的官方意识。甚至采取措施以理学等正统思想为蓝本编订教材，选派明理善言的儒生在各地方进行宣讲，并且采取各种手段鼓励人民参与其中学习，对忠义之士予以大加褒奖， 并将教化百姓当做地方官员升迁时所依据的主要政绩。
同时，朝廷派遣钦差，到民间秘密查访结社，发现一起就处置一起，将查办结社作为督抚大员主政地方的大事来查处。并且以严刑峻法来惩治结社，要求地方长官或加意查访，密探实迹，或在查处 过程中手段严酷，实施正犯正法，家属缘的连坐制度。
这些东西都被朱载坖写进了密疏之中，由嘉靖决断。
现在士子们已经被修理了，朱载坖要腾出手来处理佛门了。