水师战船虽然重要，但是比战船更重要的是水手，水师可不像陆军，随便招募来人，稍加训练就可以投入战场，水手可不行，没有战船可以制造，没有水手可就麻烦了。
幸好大明水师还没有彻底败坏，按照兵部的制度，东南沿海一共设立海防卫所42卫，规定沿海卫所每百户所造船一只，卫所额船800余只，但是现在据兵部的统计，沿海在册的战船不到两百只。
还好大明的官员们已经意识到了水师的重要性，关于海防事宜，唐顺之已经上疏详细陈述了他的方略，就是首先，在陈钱、马墓等倭寇经常出没的海道上设置福船艘200苍山船300艘，与两浙兵船会哨于诸岛之间。倭寇来则击之，去则捣之，制人而不制于人。其次，以沙船500艘迭哨于苏州海口，选士兵万余在松江护塘警戒。待倭寇登岸时掩击。第三，集中松江轻便走轲五六百艘，游哨于黄浦、吴淞大小港之间，使倭寇不敢深入，敌舟不敢横行。
唐顺之的建议已经得到兵部的批准，同时在南京制造福船，以供军用。
同时胡宗宪也在浙江加强海防，调发横江、乌尾船二百余艘，改造福清船四百余只，苍沙民船复数百只，与苏松互为呼应，截击倭寇。
在兵部送来的资料中，还有一份俞大猷的奏疏，详细阐述了他对于东南海防的看法，俞大猷认为：浙、直、通、泰 间最利水战。往时多用沙船破贼，请厚赏招徕之。防御之法，守海岛为上。宜以太仓、崇明、嘉定、上海沙船，及福、苍、东莞等船守普陀、大街。陈钱山乃浙直分路之始，狼、福二山约束首尾，交接江洋，亦要害地，宜督水师固守。
同时戚继光在苏松总兵任上的一份奏疏也详细阐述了他对于苏州海防的看法：苏州所造之船数本不多，仅可以支把港之用。此但可以言守，而不可以言战。须得福船、苍山各数十只，沙曹民船二三百只。每至风汛时月，分泊港口，各住信地。更番出至洋山，往来游击昼夜不绝。外则为定海、吴淞会哨兵船之羽翼，内则为海港把守兵船之扞卫。
朱载坖看了他们的奏疏，很是高兴，大明的这帮将领还是能够认识到海防的重要性，但是朱载坖看到下面兵部的批复就有些哭笑不得了，兵部的批复就是令南直隶发藩库银造船。
总的来说，大明这些将领们提出的方案就是御海洋、固海岸、严城守是一个完整的防御体系，缺一不可，这也是朱载坖自己的看法，但是现在大明朝廷上下的注意力都被张经集中到嘉兴去了，大家都迫切的希望张经在嘉兴打一场胜仗，好振奋大明的军心士气。
但是对于彻底解决倭寇问题，其实并没有什么实质性的帮助。
朱载坖将李春芳叫来，将自己的看法告诉李春芳，首先朱载坖认为，张经现在已经调集重兵，准备与倭寇决战，此时换将，不是明智之举，但是据兵部塘报，盘踞拓林、乍浦的倭寇总共应该是两万多人，张经现在的兵力已经远远超过倭寇的，应当将他从浙江、南直隶抽调来的士卒还归本镇，用于充实海防。
其次就是抽调水师，将南直隶、浙江、福建的水师都集中到苏松及嘉兴来，彻底切断这股倭寇与外界的联系，同时断绝他们的归路，还有操江提督的船只，虽然不能用作战船，但是用来运载官军还是可以，沿海的岛屿也要加强控制，不能让倭寇有立足之地。