虽然此时教会的领导地位因为一系列的兵灾、教会内部的剧变，而不断衰落。但是它依旧有能力在1480到1520年间和1580年到1670年发动两次大规模的猎巫运动。而约翰他们所处年代的这一次，是由宗教裁判所负责追拿女巫。而吹响猎巫号角的，则肇始于1484年教皇英诺森八世所发布的summis desiderantes affectibus（最高的希望）谕令，这道谕令可视为具有法律效力的巫师追缉令。会发布这道谕令是因为，两名宗教裁判官在上日尔曼地区进行追捕异端份子的工作时发现有巫术的问题，而当地官员却不配合追捕，于是教庭为了镇压巫术，便下达这缉巫谕令，扩大追捕巫师的宗教裁判官的权限。
除此之外，1487年时两名宗教裁判官英斯蒂道里和斯伯伦吉合着了女巫之锤，这本对迫害巫师贡献巨大的巨着。此书乃针对宗教裁判官所写，教导其如何侦查女巫的罪行，同时提供镇压巫术的理由，书中表示女巫分为两类，一类只为人卜卦、解难其罪较轻；另一类则背弃天主，侍奉魔鬼，不但危害人类，还建立了魔鬼的事业，犯了严重的宗教罪，此和信仰不纯者乃糊里糊涂犯了罪不同，对这些女巫不需宽待，可判处火刑，若其有忏悔之意，则法庭可较为宽厚处理，先绞死或吊死女巫，再施以火刑。
虽然这两次波及全欧洲的猎巫运动，看上去声势浩大，但是实际上到了后期，这猎巫运动已经实际上失控了。因此在这个时期，世俗王权的崛起，已经不是教会所能阻挡的。
而失去了过往那极为崇高的超凡界地位的教廷，虽然在政治上的影响力已经远不如从前，但是却偏偏有着堪称海量的财富。尤其是1313年天主教会开始在欧洲兜售赎罪券，当时的教皇宣称教徒购买这种券后可赦免“罪罚”。14世纪以来，赎罪券逐渐演变成教会聚敛财富的手段，而教会在此期间聚拢的财富，完全是无法想象的。
这个时候的信仰程度或许并不如某些时期那般虔诚，但是正如后世某国的一些权贵在寺庙道观烧香拜神，花费大量的金钱来“减轻”自己身上的罪孽一样，这个时代的的权贵都不会吝啬于这种和作秀没有太大区别的活动。因此只要是规模稍微大一点的商业城市，其教会的富裕程度都是远比当地的首富要富。
如果说米海尔时代，那么圣域还可以通过打击反人类超凡组织和收购一些产业什么的手段来获取足够的资源来强化自身。但在伊提亚折腾了240年后，这些门路基本上都被堵死了。圣域原本在购置的产业，大部分都荒废了，只有几个农庄还能勉强运转。不得不说伊提亚的脑回路是真的离谱，这也难怪会引起公愤。
毕竟，你连保证温饱都做不到，如何能够让大部分的人听你的话？这是还能吃山珍海味的伊提亚，所不能理解的地方。
这些问题，若是让约翰来解决倒也不难。只是约翰也只能解决一时的问题，而不能永久的解决。因此约翰决定有限度地复原米海尔时期的举措。
米海尔实际上是用了十年的时间，才做到后来的那一步，而现在离圣战估计也就不到两年。你让约翰在两年内达到米海尔时期的那种程度，显然是不可能的，但是达到一部分还是可以办得到的……