贼军的小舢板和小渔船靠近上来，同明军的小舢板混战在一起。双方先是远远的以弓箭对射，但贼寇损失惨重，明军水师却几乎没有遭到什么损失。明军水师身上披着以木片或竹片覆盖在丝绸上制成的铠甲，这些甲若是在陆战中防护能力不佳，可是在水战中，这些铠甲却能很好的给水师官兵提供保护，而且穿着竹片和木片制成的铠甲，水师官兵不慎落水，不仅不会被铠甲的重量带进水底淹死，反而还能提供浮力。
李国栋的淮军水师还装备了另外一种铠甲：藤甲，但水师的藤甲同他的马槊骑兵装备的藤甲又不同，水师藤甲使用的不是昂贵的贵州藤所制，而是普通的老藤制造，而且不用桐油浸泡过，所以也不容易被点燃。
即便是在大船上的水师官兵手里也有一副刀枪不入的藤牌，防护能力自然远胜于贼军水师。
一副木片或竹片制造的铠甲以及以老藤打造的藤甲都不便宜，打造这样的一副铠甲，需要耗费大量工时，因此贼军所谓的水师，根本就不可能配备上这些铠甲，贼军水师本来就不是正规水师，都是临时招募江边长大的村民、渔民、水匪和会水的流民组成，李自成和马守应都不可能给他们的水师配备上铠甲。
无任何防护能力的贼军水师对上明军水师，结果不用说也知道，明军水师小舢板上射去的箭矢是箭箭到肉，中箭的贼兵纷纷惨叫着倒下，或是一个跟头栽进水中。而明军水师官兵往往中了好几支箭矢，仍然可以开弓射箭。
施琅拿起单筒望远镜，看着前方江面的激战，他突然喊道：“没有人管住贼军火攻木筏了？传令下去，让快船冲去，烧毁贼军木筏首发
亲兵发出旗语信号，一艘艘快船以施琅的旗舰为中心，结成了阵型，向贼军的木筏杀去。
“准备炮弹。”施琅喊道。
快船上的火炉燃着熊熊炉火，有的炮手们把三磅实心炮弹放进火炉内，有的炮手则把定装药包装入炮膛，再把一块木板塞进去，顶实了。然后有人用火钳夹起已经烧得通红的炮弹，把炮弹放入炮口，再以铁钎顶到底。因为有一块厚木板阻隔，烧红的炮弹不会引爆火药。
距离贼军的火攻木筏近了，当只剩下不到百步的时候，施琅下令：“开炮！”
一艘艘快船船艏的火炮吐出火舌，烧得通红的炮弹飞出炮口，准确的击中贼军火攻木筏。通红的炮弹击中木筏上的柴禾堆，钻入柴禾堆内，打得柴禾纷纷飞散，灼热的炮弹点燃了浇了火油的柴禾，立即引燃熊熊烈火。
快船队冲过之后，江面上留下无数起火的木筏。
“撞上去，烧毁他们！”一名贼军水师将领声嘶力竭的吼叫。
三艘火攻木筏向施琅的快船冲来，施琅临危不乱，镇定自若的指挥水手操舵，凭借着快船的速度优势，轻松躲过了贼军的火攻木筏。当施琅的座舰从一艘尚未被点燃的火攻木筏边上擦肩而过的时候，快船上射下一排火箭，那艘木筏当即燃起熊熊烈火。
又是一艘火攻木筏向施琅的快船冲过来，快船船头的三磅炮射出一枚烧得通红的炮弹，点燃了那艘火攻木筏，但木筏仍然向快船冲来。
快船灵活的转身，避开了火攻木筏的冲撞之后，贼军的火攻木筏就再也无法追上这艘快船，燃起熊熊大火的火攻木筏顺流往下游漂了一段路程之后，就被烧得散了架。
施琅的蜈蚣快船避开了火攻木筏的攻击，往上游航行了一段距离。他发现，有不少火攻木筏被小舢板和快船漏过去了，正往下游己方的大船队漂去。他大喊一声：“转向，去追贼人的火攻木筏！”