奥托答应下来。让呆鹅和丽塔训练主角。训练几个月后，主角回到学院，和御三家一起切磋。关系自然越来越好。于此同时解决到姬子圣痕，被姬子拉去做了副舰长。
剧情开始后。因主角的改变，加快了剧情的速度。主角受到致命危机。华让主角分出分身，主角不安更大，于是留下一个不稳定分身，分身陷入沉睡。
女武神考试中，主角见到终焉。被终焉打伤，剧情加快。等主角伤没恢复，便来到了姬子的最后一课。主角最后赶了过去救下姬子，把姬子放入系统空间，被终焉打散。终焉见主角消失后离去。
与此同时，系统发力封印与主角有关系人的记忆，希儿被放入量子之海。（系统在哪？结束会说）
奥托的虚空万藏帮奥托挡下系统封印，因奥托和主角关系不深，系统并没在意。系统空间的人没有封印，同时一缕主角记忆进入炎核心。
主角进入分身，被华告知不稳定分身于苏醒3次后消散，主角陷入沉睡。
如游戏般那样，鸭鸭进入量子之海时，因强烈的思念主角于梦中听到呼唤，鸭鸭幻境中的那个人影有了意识。后帮助鸭鸭希儿逃出海渊城而消散。
琪亚娜醒来，陷入无尽的自责，见到符华分身后被符华带人意识空间见到西琳。西琳抱着琪亚娜哭诉后，自我欺骗的陷入沉睡，把核心力量交于琪亚娜。琪亚娜沉默后，开始寻找主角。
于天穹市救下丽塔，丽塔告诉琪亚娜部分真相。与此同时，芽衣在寻找琪亚娜。
在雷律埋葬自己后，芽衣恢复记忆，打晕琪亚娜，开始了在世界蛇。琪亚娜和芽衣去太虚山。小识到来。wap.
符华带走小识，小识救下主角，系统补充主角意识。主角苏醒。与此同时，琪亚娜被拉入千人剧场，于炎核心内见到主角和姬子，成为薪炎。
主角和芽衣来到世界蛇进入往事乐土（小识和华。姬子在系统空间）主角开始进入前文明，救下十三英杰后，而于系统空间醒来
（前文明先不写。写了没啥写了。）
最终决战，于月球救下必死的丽塔呆鹅，等女武神。。打败终焉后，因变数存在不稳定性，崩坏神开始偷袭，主角挡下攻击，被呆鹅接住，主角昏迷后，被塞西莉亚用深渊白花救醒。
打着打着发现陷入僵持，主角觉得这样不行，系统出现告诉主角一个办法，主角犹豫了好久，最后看向所有人，撒下谎言。苏识破主角谎言。当他想说出口时
被主角打晕。为其解释一会需要用到苏，让苏休息。虽然牵强。但是关键时刻，其他人也不能多想，只有爱莉悄悄落泪。
所有女武神发动最强攻击后力竭倒地。主角封印西琳的空间权能，和符华的剑心后，打开空间进入休伯利安引爆所有核心后消散。崩坏神重伤垂死。（后面回忆篇有）
系统在那呢，系统在发布最后任务后，和虚数之树面前和虚数之树博弈。在主角死后，截取到主角灵魂，令主角穿越之前。系统开始不稳定，最终在询问她们转世后的第五世为虚数之树留下永久性伤口而消散。
等系统醒来时，和主角一起忘记了所有事。系统便开始了再次穿越。
谁救了系统？当然是我们伟大的地球母亲啊，看到自己孩子在别处被打成这样，不还回去是不可能的，不然你以为虚数之树会遵守诺言？不敢搞小动作....