孙中山眼见支持他的人员越来越多，于是自信心爆棚，更在黄埔公园大肆宴请国会议员，商讨召开国会问题。但是这个时候有一个尴尬的问题就是大部分国会议员还是站在段祺瑞那边的，所以来到福建的议员不足法定人数，不过没关系，反正都是他们说了算，当时决定模仿法国大革命前夕第三等级代表举行国民议会的先例，召开“国会非常会议”这个理由倒是冠冕堂皇。
立马这个非常国会举行开幕，由于大家都急着夺回属于自己的利益，所以很快就通过了《中华民国军政府组织大纲》13条，表明他们这个革命军政府完全是为了保护民国的胜利果实而组建的，堂而皇之在广州组织起了这个军政府，下设外交、内务、财政、陆军、海军、交通六部，麻雀虽小五脏俱全，可笑这个坐立在两广的中华民国军政府就这样在开始运作之前划分好了权力。
并且堂而皇之的说为了适应护法戡乱的战争需要，没有采纳《临临时约法》规定的内阁制，而采取中华革命党《革命方略》中提出的党、政、军权合一的大元帅制方案，实行军事、内政、外交合一的元首制，搞笑的是所谓的进步报纸纷纷为他们造势，鼓吹以孙中山为首的中华革命党人希望通过护法运动建立本党单独执政的资产阶级革命政权，为中华人民争取更美好的明天。
这般作法着实令冯庸反感，虽然北洋政府专制不假，但是段祺瑞等人能做实事呀！至少在他们手上，有力量维护统治区百姓的和平生活，并且北洋政府也是无时无刻不在为国家的强大绞尽脑汁，就比如这次对德宣战，本意很好，看准时机，准备夺回我国权益，可是以孙中山为首的人呢？是看不懂还是不愿懂，什么中华志士，为了争权夺利，百般阻挡对德宣战，生怕民国得到英美支持之后会强大起来对他们的日本主子产生威胁？
或者说是怕北洋政府彻底清除他们在民国的一席之地，口口声声为了民主、为了共和，可是欧美诸国的共和无一不是建立在国民利益之上，他们的共和为了什么，为了代表中国那顶部最有钱的那些人——大资产阶级还有那些野心家，为了用国家机器获得更多利益，呵呵！真正的资产阶级是那些在全国各地兴办企业的那些人，那群把振兴民族企业放在第一位的人，真正的共和的前提是让百姓吃饱饭，过上好生活。本来人家还能吃口饭，虽然日子艰难了一些，但也是一家人平安，可是他们这群所谓的革命斗士一来，如同一根巨大的搅屎棍，把他们那种平头小民的生活打破了就算了，他们的民军比起北洋军阀还厉害，抢光、杀光、奸光！都赶得上二战的日本人了，果然是一个主子教出来的。
9月1日非常国会选举孙中山为海陆军大元帅，陆荣廷和唐继尧为元帅。10日，孙中山宣誓就职。同日，非常国会通过了军政府各部总长名单，外交：伍廷芳，财政:唐绍仪，陆军：张开儒，海军：程璧光，内政：孙洪伊，交通：胡汉民，军政府参谋总长：李烈钧，大元帅府秘书长：章太炎。这种人事安排或许体现了中华革命党人主动与西南实力派以及国民党稳健派合组护法军政府的愿望。