之所以兴师动众，修建铁路，走陆路运输水师战船进入淮河，目标就是洪泽湖这个巨大的地上悬湖。倘若明军从运河发起进攻，清军只要开闸放水，就能让淮安等地变成一片泽国。为了解决地上悬湖的威胁，王羽制定了从上游走的方案。
水师战船都送入淮河，铁路线把长江和淮河连接起来，粮食弹药，各种辎重货物，都可以通过铁路送到淮河，再装上船。
凤阳城南，明皇陵，铁路线就从皇陵附近通过。从北方下来的难民中招募的一批民壮正在工地上忙碌着，对这座遭到严重破坏的皇陵进行修复。十多里外，凤阳城下，明军的工事已经把凤阳府城围得铁桶一般。
凤阳府城并不是那么好打的，残存的六万多清军战兵和十多万辅兵民壮都龟缩到不大的凤阳府城内，这座城内的老百姓本来就不多，早都被驱赶出去了，城内只剩下清兵和民壮。经过清军几个月的经营，凤阳城内的建筑物都经过加固，变成了坚固的巷战工事。若是琼州军要强攻凤阳，必然遭到清军顽强抵抗，损失将会很大。
但是王余佑却并不打算强攻凤阳，而是采取围困的办法。
清廷原本就缺少粮食，凤阳一带储备的粮食严重不足，最多只能支撑一个月时间。
城内缺粮，并非是达都失误，而是清廷本身缺粮，相当一部分粮食都是从南方走私运输去的北方。山东和北直隶一带秋收之后，粮食还没来得及收割下来运往凤阳，明军就已经发起了进攻，抵达淮河边上，切断了凤阳的运输补给线。
本来凤阳的粮食都是依靠淮河边上的临濠运来的，明军水师进入淮河之后，清军水师和运输船队再也不敢来了，凤阳城的粮食运输线于是被完全切断。
淮河上，四艘蒸汽内河炮舰吐着黑烟，带着船队顺流而下。沿途过去，河面上看不到一艘清军水师战船。听说来了四艘水上的铁甲火龙，清军水师早就吓破了胆，哪里敢应战，远远听说明军水师来了，清军水师早就跑光了。明军水师抵达临濠，从水面上炮击城池，驻守在这里的清军陆师一夜之间就跑光了。
临濠是一座小镇，没有坚固的城池可守，清军根本无心恋战，明军炮轰城池，清军放弃了这座小镇，沿着淮河顺流而下，逃往洪泽湖。
经过一个多月的围困，凤阳城内十多万清军缺衣少食，城内的老鼠都被吃光了，清军主将达都早早就跑了，他知道凤阳是绝地，与其留在这里饿死，还不如去洪泽湖同水师会和，只要守住洪泽湖大堤，大清还有救。