明军攻克了江宁城，江南原本就是反清复明义士辈出之地，城内百姓很多都是心怀故国，并不认可清廷统治的明朝遗民，当明军入城之后，城内百姓欢呼雀跃，痛哭流涕者处处皆是，更有不少原本被清廷招募当了民壮的青壮年踊跃参军，加入明军。
原本被驱赶出江宁城，被赶到镇江等地的原江宁城内的妇孺老弱纷纷返回江宁。江宁各大城门口，返回江宁的百姓如潮水一般涌来，迫不及待的要回自己的家乡。
由于耿精忠当了内应，明军攻下满城也是不费吹灰之力就拿下了满城。麻勒吉、喀喀木和玛尔赛等满八旗将领被耿精忠用鸿门宴铲除，满城里面的满蒙八旗各自为战，很快就被明军各个击破。当满城落入明军手中的时候，残存的满蒙八旗一部分向明军投降，还有不少满蒙八旗分散抵抗。
满城内的旗人妇孺老弱也早就转移去了江北，因此耿精忠对那些尚在抵抗的满蒙八旗兵、满蒙老头子和满蒙少年展开屠杀的时候毫无压力。
明军攻入满城，在投诚的靖南王府汉八旗兵的率领下，开始清剿满城内的残存势力。只要不肯主动出来投降的，明军冲入那些旗人的家中大开杀戒。
城内能打的满蒙八旗青壮年，基本上都在守城战中损失殆尽了，那些满蒙精锐，大部分都是被南洋海军陆战队的线膛枪击毙的。退入内城负隅顽抗的，都是老胳膊老腿的老头子和还没长成人的少年。就凭借这些人，又如何抵挡得住明军的剿灭。
明军士卒在满城内挨家挨户的搜索，不时有满蒙八旗的老头子和少年被明军从屋子内搜了出来。对这些不肯主动投降的旗人，耿精忠毫不留情的下令，把他们全部就地斩杀。
虽有少数负隅顽抗的满八旗老头或者少年给靖南王府兵造成一定的损失，不过他们给明军造成的损失微乎其微。明军冲入屋内，有些老头或者少年躲在里面射出箭支，可是他们射出的箭支疲软无力，对身披重甲的靖南王府兵几乎无法构成威胁。
靖南王府兵冲入屋内，挥刀砍下了抵抗者的头颅。
满城内，遍地死尸，鲜血染红了青石条地面。成群结队的满蒙八旗老头和少年被明军从大街两边的房屋内押了出来。这些不肯主动走出来投降的旗人，都被视为抵抗者，耿精忠冷酷无情的下令，把他们押在大街上，当场砍下脑袋。
明军宣布不主动出来投降的视为负隅顽抗之后，就有不少旗人主动走出屋子投降。
经过一整个白天的搜捕，耿精忠屠杀了三分之二留守的旗人，剩下的三分之一旗人投降，满城总算是完全控制在明军手中。
张煌言宣布，把江宁城的名称改回原来的南京城，这座被满清占领了二十年之久的千年古城，再一次回到大明手中。南京城内外，到处飘扬着大明的旗帜。