南京号战列舰上，使者带回了消息，说瓜洲清军拒绝了劝降。
张玉坤道：“给鞑子三个时辰，已经是很宽容了！既然他们执迷不悟，拒绝投降，那我们攻城便是了！”
明军海军陆战队的攻城武器都是事先打造好的，出征的时候，攻城武器都放在运输船上。运输船上基本上各种攻城武器都有，譬如说盾车、望楼、巢车和大型云梯车之类的，海军陆战队的攻城武器都是模块式的，运输的时候，拆分开来放在船上。等到使用的时候，把攻城武器搬上岸，组装起来即可。
不过瓜洲经过清军五年的苦心经营，清军在瓜洲修建了坚固的炮台，城墙也得到加高，高度增加到两丈左右，尽管还是比不上襄阳、北京、南京这些坚固的城池，但两丈高的城墙在当年来讲已经算是不错了。
瓜洲城外，清军布置了密密麻麻的木桩，把地面挖得坑坑洼洼的，可以用来阻拦明军的攻城武器前进。城头上面，还有高出城墙的炮台。
清军还在瓜洲城靠江的那一面，修建了坚固的炮台，布置大量红夷大炮，用来对付来自江面的威胁。不过瓜洲清军的大炮十分落后，使用的都是原本皇太极在关外的时候用土法仿制的明军红夷大炮，本来这些炮都安放在盛京城头，为了加强长江防御，清廷让人把这些炮运到了瓜洲。
皇太极当年招募工匠，用土法仿制的红夷大炮，重量达到了三千多斤，可是因为铸造工艺不过关，那么重的炮，只能发射七到八斤重的炮弹。
可以说这些老旧的火炮，根本就无法对明军战列舰构成任何威胁，七到八斤重的炮弹，根本无法击穿战列舰厚实的橡木船板，炮弹打在上面就像是挠痒一样。而战列舰上，却有六十多门重炮，最小的炮都是十八磅以上的重炮，还有二十四磅和三十二磅巨炮。
炮弹方面，明军也有了极大的改进。尽管战列舰上没有配备性能不可靠的开花炮弹，但是大量配备了最新式的榴霰弹，专门用来对岸攻击所用。
新式榴霰弹和开花炮弹的结构有些相似，在炮弹尾部都有一个软木做出的木弹托，不过榴霰弹的木头弹托上面开了一个比较大的孔，孔里面塞入一根铁管。这个把火药气体灌入榴霰弹内的孔，同炮弹尾部的孔连接。
榴霰弹的外壳是用薄铁皮锻造的，弹体内填充满直径九毫米的铁珠。火炮开炮的时候，炮膛内的火药气体通过木弹托尾部的铁管和炮弹底部的孔灌入炮弹内，使得炮弹在发射出膛的时候，弹体内部充满了高压的火药气体。但是因为铁皮有一定的承受能力，炮弹出膛之后不会马上散开来，而是飞行了大约一百步远之后，榴霰弹才会炸开，把大量的铁珠向对手喷射过去，造成极大的杀伤效果。
明军还有大批的小型炮击舰，这些专门执行对岸攻击的炮击舰吨位不大，是由金鹿级六级私掠船改装而来的，排水量一百五十吨级，拆除了原来的十八门加农炮，换装上一门六十四磅臼炮和四门十二磅榴弹炮。