黑暗中，体积小的战舰使用精度不高的滑膛炮对轰，命中率自然低得可怜。但是明军舰队轰击炮台又不一样了，固定的炮台又不会跑动，体积又大，滑膛炮命中率再低，要击中炮台也不是一件困难的事情。
几轮炮击过后，清军炮台上反击的火力越来越弱。
早有明军小艇靠近岸边，不计其数的士卒跳下小船登上岸，从炮台的背后发起攻击。
江面的激战仍然在进行之中，王新宇一声令下：“放出火攻船！现在是涨潮，海水倒灌进入江中，水流对我们有利。”
一艘艘火攻船从明军战船队之中驶出，顺着水流向清军战船队杀去。虽然江中有拦江索，江底还有水下暗桩，但火攻船吃水浅，而且是涨潮，水位还在上升，不管是拦江索还是水下暗桩都拦不住吃水不到一米的火攻船。
“明狗的火攻船来了！”借助着月光的照明，清军发现了正在向自己靠近的火攻船。
“放箭！”一名清军把总焦急的喊道。
清军战船上射出一排排火箭，大部分箭支落进江中，有少数火箭射中了正在靠近的明军火攻船，点燃了船上堆积的柴禾，几条中箭的火攻船顿时燃起大火。但火攻船本来就不怕火烧，起火之后，后面的明军仍然划着船，向清军战船冲去。
“快开炮！不要让明狗靠近！”清军大船上的军官喊道。
借助着火光的照明，已经可以清晰看到海面上熊熊燃烧的火攻船。几艘清军最大的战船喷出火光，炮弹掠过江面，砸向正冲近的火攻船。
江面上腾起一道道冲天水柱，有火攻船中了炮弹，船板横飞，破碎的木板砸在划船的水兵身上，有人被弹片一样木头刺入身躯，有人被木板砸中头部。受伤的明军惨叫着倒下，但没有伤亡的人继续划着船向清军冲去。
毕竟清军战船太小，发射两三斤重的实心炮弹想要击沉火攻船也不是那么容易的事情，中国式的船只都有隔舱，除非被大的炮弹击中才能一炮击沉。小炮击中，不过穿个洞，还不至于马上沉没。
火攻船继续向清军战船靠近，后面的明军大型战船也不停开火。黑暗中闪烁着一道又一道火光，看起来就像黑夜里的闪电一样。
“轰”一艘火攻船撞上了一艘清军的苍山船，火攻船头部的钉子扎入清军船上，把两艘船牢牢的钉在一起。熊熊燃烧的大火很快就蔓延清军战船上，只听到大船上一片鬼哭狼嚎的哭喊声，清兵纷纷跳进江中逃生。
不一会儿，又是一艘火攻船撞上了清军一艘大船，把那艘大船点燃成火船。
“小船！小船拦住蛮子！”清军军官大喊。
清军的小船冲了出来，向火攻船冲去，企图拦住火攻船。与此同时，明军的小船也从大船队中冲出，向清军小船杀了过来。
小船和小船之间的交手，仍然是传统的接舷战。双方的小船相互对冲，在靠近之前，弓箭手射出一排乱箭。接近之后，双方小船上的水手用长竹竿向对方小船一通乱刺，接着双方小船上的刀斧手才跳过去，跳上对方的船砍杀。
毕竟明军水师都是久经沙场的老兵一代代相传下去，水战灵魂的核心一脉相承，带出来的新兵也都精通水上作战。而清军的水师多次全军覆没，又一次次重新组建，擅长水战的老兵早就损失殆尽，新组建的水师素质可想而知了，更何况，清军水师重点是放在泉州和漳州一带，福州水师就是一群菜。
明军水兵凭借自己精湛的技术，或者是撞翻了清军的小船，或者是跳上去把清军小船上的清兵砍杀一空。
江面上杀声震天，刀光闪烁，斧头挥舞，清兵的人头接连被砍落到水中。
还有一些水性特别好的明军水手干脆跳进水中，几个人齐心协力从水下弄翻了清军的小船，或者是把小船上的清兵拉下水去。在水中，清兵根本不是对手，落水的清兵被明军摁在水里活活淹死。
转眼之间，清军小船队就被打得落花流水。
几艘明军的小船上前，熟悉水性的水手跳进水中，把水雷绑在拦江索上，点燃离开。
“轰”江面上腾起了冲天水柱，拦江索被炸断。
负责爆破的小船鱼贯而入，水雷被投进江中。伴随着一声接一声剧烈的爆炸声，清军精心布置的水下暗桩接连被炸成了一截截木头，漂浮到江面上，被水流冲走，变成了对明军大船无害的水上垃圾。
后面的明军大船跟了上来，冲入小船炸开的航道，向清军水师的大小船只碾压过去。
大船上火炮轰鸣，把试图接近的清军火攻船一艘接一艘击沉到江底。有些漏网的清军火攻船，则被明军小船拦住。
清军火攻船被消灭，剩下的清军水师战船在明军战船面前只不过是一群待宰的猪羊罢了。明军战船冲入，凭借着自己船大的优势直接碾压，把清军小船一艘接一艘撞沉，或者是干脆直接碾压到江底去。
马江口的海战一直激战到天亮，等到第一缕阳光照射到江面上的时候，江面上已经看不到一艘清军的船只，没跑掉的清军船只都被击沉或者被俘，幸存下来的清军船只早就跑了，狼狈逃回福州城下。
逃回去的清军战船不多，一百多艘福州清军水师战船，只有二十多艘逃了回去，其余的不是被击沉就是被俘。
马江口的炮台上，绿色的绿营清军旗被降了下来，换上了红色的明军战旗。
明军占领了马江口，因为在马江口的清军不多，清军陆师主力都在福州城内，所以登陆的明军几乎不费吹灰之力就攻克了马尾镇，占领了马尾港。