经过一番讨价还价，双方最终各让了一步：荷兰人同意清廷提出的，在开放经商口岸，由清廷指派一人在该口岸设立商行。，所有的洋船进入该口岸，所购买货物找商行购买，所有补给物品也都由商行提供，也不能随意找其他清国人代理。洋人抵达该口岸后，不得随意出入其他地方，必须居住在商行为洋人所建的公馆。
而清廷的谈判代表团，在南怀仁和黄锡衮等人的建议下，也退让了一步，同意多开厦门和金门当成通商口岸。
荷兰人要求开厦门和金门是有道理的，因为厦门就在台湾的对面，既然荷兰人要求清廷割让台湾岛，那么放开厦门这个通商口岸，对荷兰人来说，可以就近获得来自大陆的商品，节省了很多成本。
至于清廷为何会同意多开厦门和金门，原因在于，目前厦门和金门都在郑聪手中，反正没有荷兰人的海军帮忙，也无法拿下厦门和金门。由洋人帮忙夺回两岛，再把这两个岛对洋人开放，这也没什么损失。
南怀仁还另外做了一件“好事”：在他的干预之下，清廷不仅同意把东番岛割让给荷兰，连同澎湖列岛都一起打包送给了荷兰人，真可谓是买一送一，买大送小。
我威武大清地大物博，这点海外蛮荒之地送给友邦又算什么！
谈妥了东番岛归属问题和通商口岸问题之后，接下来就是谈报酬的问题。
荷兰人说：“我们从欧洲过来帮贵国剿灭海寇，路途遥远，绕行了大半个地球，我们走了那么远的路过来，开销费用不小。而且那海寇的舰队也不是那么容易剿灭的，我们得付出不小的代价，你们总得给银子吧？这天下哪里有不给钱还让人去打仗的？”
黄锡衮反驳道：“我们把东番岛给了你们，又把澎湖列岛也给你们了，还开放了通商口岸，怎么还要我们出银子？”
南怀仁把黄锡衮的话翻译给了荷兰人听之后，又同荷兰人交头接耳，指点荷兰人应该如何说法，还直接把清廷的底线卖给了荷兰人：“其实大清国并不吝啬银子，只不过他们最多愿意出三百万两银子。不过，清廷目前一年财政收入大约是两千四百万两银子，去年海寇入江，夺走半个江南，减少了五百万两的收入，但还是有近两千万两的年收入。如果你们能够给他们更优惠的条件，他们还能付出更多。”
清廷谈判代表团的人没有一个听得懂荷兰语的，还以为南怀仁在尽职的帮他们翻译。
荷兰人得到了清廷的底线之后，很快就想好了对策：“贼寇不就是船坚炮利吗？船坚炮利我们也有。贼寇的火器犀利，是贵国最头疼的问题。如果你们愿意出七百万两白银，我们还能给你们提供一批新式火器，并卖一批战舰给你们，还能免费帮你们训练水手。”
陈昭庭听说能够买到荷兰战舰，出身水师的他倒是十分动心，于是开始打听购买荷兰战舰的价格。
荷兰人告诉他：“购买战舰也要看大小的，我们这样的大舰卖给你们，一艘就要一百万两银子！而像那些稍小一点的盖伦船，一艘是四十万两银子。”
陈昭庭倒抽了一口冷气：“太贵了吧？”
“不算贵，这已经是我们给朋友的优惠价格了！英格兰人的战列舰，和我们这种大舰差不多大的，他们一艘造价就要折合你们的两百万两白银了！如果你们不相信的话，等以后有机会见到他们，你们可以自己去询问。”荷兰人答道。
这个时候，黄锡衮和苏纳海却正在为七百万两银子的价格讨论，他们都觉得七百万两银子的出兵费用实在是太贵了，虽然荷兰人可以赠送一批武器，可是这个价格几乎是清廷一年财政收入的三分之一啊！
“这个价格太贵了，我们不能接受！”黄锡衮道。
南怀仁把黄锡衮的话翻译给了荷兰人听之后，又补充了一句：“目前清廷为了剿灭海寇和前朝余孽，投入甚大，仅仅是三藩和广东福建绿营，每年就要支出近千万的银子！加上其他剿匪费用，年投入过千万。”
南怀仁说的这些数据可不是信口开河，康熙初年，仅仅是吴三桂的云贵两地，每年就要三百万两的银子来养他的藩王费用和藩王jūn_duì 。正因为三藩开销巨大，康熙才会想到撤藩，结果逼反了吴三桂。