澳新利亚战况越来越艰难，国内的护法战争也到了白热化的阶段。北域军阀与南方各省联军打得如火如荼，尤其是有蔡松坡军加入的南原战场，双方打得不可开交。
由于段瑞泉打败张勋重新掌握政权后，拒绝恢复约法和国会。同时采纳汤化龙的建议，准备另行召集临时参议院，重新制定国会组织法和选举法，选举新国会，以达到他取消国民党议员占优势的旧国会和废除临时约法的目的，从而引起旧国会议员的不满。自从孙文海振臂一呼之后，旧国会议员们纷纷响应孙文海择地另开国会的号召，坐上火车南下赴粤。到了8月中旬的时候，到达粤州的国会议员已达150余人。
8月18日，孙文海在黄埔公园宴请国会议员，商讨召开国会问题。考虑到来粤议员不足法定人数，决定效法高卢国大革命前夕，第三等级代表举行国民议会的先例，召开“国会非常会议”。25日非常国会开幕，31日通过《华兰民国军政府组织大纲》13条，规定华兰民国为戡定叛乱、恢复《临时约法》，特组织华兰民国军政府。
军政府将设大元帅一人，元帅三人，由国会非常会议分别选举。《临时约法》的效力完全恢复以前，华兰民国之行政权由大元帅行使，大元帅对外代表华兰民国，元帅协助大元帅筹商政务。
军政府设外交、内务、财政、陆军、海军、交通六部。为了适应护法戡乱的战争需要，军政府没有采纳《临时约法》规定的内阁制，而采取华兰革命党《革命方略》中提出的党、政、军权合一的大元帅制方案。
这样一来粤东军政府实行了军事、内政、外交合一的元首制，体现了孙文海为首的中华革命党人希望通过护法运动，建立本党单独执政的资产阶级革命政权的意图。表面上一个新的共和政府在粤东建立了起来，但实际上它已经成了国大党**的政府。在首脑选举的过程中也丝毫没有民族的意味，其中充斥着各方势力妥协的味道。
9月1日非常国会选举孙文海为海陆军大元帅，蔡松坡、陆荣廷和唐继生为元帅，几天后孙文海宣誓就职。同日，非常国会通过了军政府各部总长名单，外交总长由伍廷芳担任，财政总长为唐绍仪，陆军总长张开儒，海军总长李和，内政总长孙洪伊，交通总长胡汉民，军政府参谋总长：李烈钧，以及大元帅府秘书长章太炎。
粤东军政府的建立，并不能让所有人都满意。出于对国大党的不信任，陆荣廷与唐继生都不希望将权力都集中到孙文海手里。本来他们所追求的是建立护国战争时期，军务院那样的合议制政府，按各方实力排定座次，让他们得以掌握部分实权。
粤东军政府却采取了元首制，树立了孙文海在护法政权中的领导地位，首义的蔡松坡等人反而成了配角。所以蔡松坡、陆荣廷与唐继生对军政府的组织原则及选举结果都非常不满，均不肯就元帅职。