在这种严峻的情况下，傅家甸除了姚孙两名医生，就只有五名看护人员协助，而所谓的养病院也只是临时由一间公共浴室改造的。姚医生告诉伍连德，政府出钱为死者提供棺材，家属既可就地安葬也可扶灵回乡。由于傅家甸住的大多是闯关东的人，此时又临近春节，所以很多人选择回乡。
传染病从发端到大规模流行，其间有一段相对缓慢的发展期，如果在这时切断传播途径，便可以控制住疫情。但随着大批携带病毒的尸身和疑似患者踏上南下返乡之路，疫情传至关内只是一个时间的问题。伍连德感到他们已经失去了控制疫情的最佳时机，更大规模的爆发就要来了。
伍连德在傅家甸住了一个多月，他要求政府施加禁令，不许人员随意离开驻地，同时实施隔离观察确定发病人群，并在各区域进行严格的消毒措施。尽管措施得当让疫情稍微有了缓解，但不知道究竟是何种病症，就无从下手从根本上解决问题。
根据这段时间的观察，姚医生认为这种病是在人与人之间通过飞沫传播的肺部炎症。傅家甸民居低矮肮脏，再加之冬天门窗紧闭空气不流通，一旦室内一人染病很容易全家感染。但自从1894年发现鼠疫杆菌后，医学界普遍认为鼠疫杆菌是由跳蚤咬了染病老鼠后，又咬人才得以传播的，这似乎与姚医生反映的病毒传播方式不同。而且此时正值隆冬，哪有那么多跳蚤呢？
因为疫情的散播太快，伍连德先上书朝廷，要求各地严格进行防疫措施，以免疫情传至帝都。对于疫情传至帝都，城内的权贵们非常敏感，他们立刻颁布了严格的消毒隔离命令。
自从1月13日，后金政府就下令在山海关一带设卡严防。1月14日，停售帝奉火车二三等车票，南金铁路停驶。1月15日陆军部派jūn_duì 驻扎山海关，阻止入关客货。1月16日在山海关沟帮子设立隔离区，查有病人就地截留。1月21日又下令“将帝都天风火车一律停止，免致蔓延。”至此，关内外的铁路交通完全断绝。后金政府还在山海关设立检验所，将陆路南下的旅客留住5日，以防鼠疫蔓延。
在实行隔离的同时，许多地方开展了奖励捕鼠的活动。在帝都内外城巡警总厅又颁布捕鼠令：照得帝都地方预防鼠疫传染，如有捕得鼠子者，均就近送至派出所或区署，每活鼠给铜圆二枚，死鼠给铜圆一枚。并传知各区均立簿册填列收确数，按日报厅。
在江夏凡捕一鼠持之警局，给铜圆二枚。在天风刻已晓谕军民人等，嗣后凡捕得老鼠送交该局者，每头给予铜子一枚，以期根株尽绝。冥北三省更把奖金提高至活鼠毙鼠每个铜币七枚。据统计，仅奉天省处置的老鼠就有80972只之多。
与此同时，公共卫生也第一次引起了各级政府的重视。北蓟省开始在各关检疫分所于城瓮内设机器药水见人消毒，屠宰行业每日必须消毒一次，内脏必须当场清洗干净装在专用的板箱内，不准暴露在外，工作人员必须穿白色服装。