日军自六月起由釜山出动，逐步向梁山及熊川方向逼近，由于朝鲜水军几乎全军覆没，海疆陷入无防之境，日军可选择进攻之地极多。
于是日军分左右两路，从庆尚道向全罗道进攻。右路军由毛利秀元、加藤清正、黑田长政等领兵五万向黄石山城出阵；左路军由宇喜多秀家领小西行长及岛津义弘等领兵五万六千八百人出阵。八月，左路军攻占泗川、南海、光州向南原进军。
在原历史上, 驻守南原的除了朝鲜军之外，还有明将杨元、李新芳、毛承先所领的三千辽兵(基本都是骑兵)，由此爆发了激烈的南原之战。
这场仗双方兵力悬殊之极，明、朝联军总计只有不超过五千，而日军高达五万六千之多，足有联军的十一倍。与此同时，明军本为骑兵，被迫守城无法发挥优势，也是导致最终失败的一大原因。
不过原历史上的南原之战所以战败，其原因众说纷纭，明廷、朝鲜方面各自的官方与民间说法俱非一致，实在很难分说。好在此时情况大不相同，倒也就不必详述了。
此时的南原既然并无明军驻守，其驻军自然都是朝鲜军。朝鲜全罗道兵使李福南、南原府使任铉、驻防将金敬老、光阳县监李春元、接伴使郑期远等各领本部及新征入伍共三千朝鲜军驻守此处。
全罗道兵使李福南召集议事，南原府使任铉说道：“应兵使之令，这两月来南原城强已加固一丈，护城河也崛至两丈深，所能用于驻防设障的材料已被尽数征用，只是城内粮草不足，只够五天所用, 眼下已请调粮，但一时间还未能送至。”
驻防将金敬老报称：“南原城中有三门明军留下的胜字号火炮(注：各位读者如果还记得高务实幼年代太子去大同查勘军械的章节，应该对此火炮分类有些印象，它们现在属于明军老式火炮，因此被“清库存”送给了朝鲜)，我已将其调来部署在城楼。只是胜字号火炮较为老旧，城中又再无其他火器，只能期望其能对抵御敌寇有所效用。”
光阳县监李春元也道：“南原城外各乡百姓已全部迁入南原避祸，但已风传倭寇将至的消息，百姓们当中每日总有想逃难之人，而且不在少数，极难安抚。”
接伴使郑期远想了想，建议道：“南原军粮不足，人心动荡，地处开阔平原，四面一马平川，虽位居要地但兵力相差悬殊，不如放弃南原，移至十里外的蛟龙山城驻防。蛟龙山城地势险峻，易守难攻，有利于与敌寇周旋……李兵使以为如何？”
李福南表示不可，道：“南原城为全罗道外藩，一旦失守，危及全罗全道。我们驻守在此便是为防守南原，岂能弃城？我军将士守土有责，此番也不是壬辰年那般遭受偷袭，定能以一当十，将倭寇阻拦在南原城下。
与此同时，还需立刻向全州求援，全州与南原相互呼应，若全州来援，则南原可保。至于蛟龙山城，反倒必须立刻焚毁！”
金敬老惊问为何焚毁蛟龙山城，李福南道：“南原与蛟龙山相比，蛟龙山城更具防守优势，因此其存在必将引起军心不稳。只要南原城稍有不利，必会争相撤往蛟龙山城，慌乱撤离，蛟龙山又怎能防住？
所谓置之死地而后生，焚毁蛟龙山城才能全力坚守南原。若还有谁有疑虑，就在我李福南战死之后自行逃离，但在本兵使战死沙场之前，若有谁敢擅自逃亡，必先死于我刀下！还请诸位各自鼓舞本部士气，我军必誓死坚守南原！”众将领命。
八月十二，日军抵达南原城外，总大将宇喜多秀家召集麾下将领，部署攻占南原的军议。宇喜多秀家下达军令：“藤堂高虎、太田一吉各番队本队随我攻南门；小西行长、宗义智、胁坂安治、竹中重利各领本队攻西门；加藤嘉明、岛津义弘各领本队攻北门；蜂须贺家政、毛利吉成、生驹一正各领本队攻东门。诸位可还有什么意见？”
小西行长道：“据报，南原城外所有民居及庙宇全被焚毁，我们在南原城外毫无掩护，且南原城墙及护城河皆有被加固开掘的痕迹，如此看来，南原早已在做布防，且此地早前曾有明军坐镇，说不定也会如往常一样留下部分火器给朝鲜人用，故此战还需谨慎。
我看重点在于歼灭李福南所部，此为南原唯一有些战力之兵，只要他们一垮，朝鲜其余守兵则不足为虑。”
由于对面没有明军，岛津义弘就活跃起来了，他提议道：“朝鲜在南原不过三四千兵力，如今被我团团围困，南原虽地势开阔，但朝鲜军不是明军，必然不敢出城野战，这样一来南原只能孤军笼城。
我最担心的是有援军来救，所以从一开始我军就必须竭尽全力，争取以最快的速度尽早攻克南原，绝不能让周边临近之朝鲜军前来捣乱。”
宇喜多秀家颇为赞成，随即道：“岛津殿下所言极是，所谓狮子搏兔亦用全力，我们虽然占据军力优势，却也不能只顾死战登城，还是需注重谋略，减少伤亡。
诸君切记，我们的目标是整个朝鲜，而不是只在南原。胁板和加藤常在水军，今日能共同出阵南原，可务必要再现贱岳七本枪之武勇。”
加藤嘉明立誓道：“总大将请放心，此次出阵南原，我一定会率先攻入。”胁坂安治也不甘示弱：“我们早就盼望能回陆地战斗了，但第一个攻入南原的绝不会是加藤殿下，而是我胁坂安治！”宇喜多秀家大笑，随即下令全军进攻南原。
日军进逼南原城下，漫山遍野的大军将南原合围。李福南守东门，任铉守南门，金敬老守西门，李春元守北门。李福南令吹锣放炮，传令城中严禁妄费军器。
午时有五名日兵奉命于南原东门之外的石桥处劝降，李福南见状于外城令朝鲜军射杀，日军随即转入全面进攻，自漆场禅院高喊前进，于城外百步之外举火绳枪连射。
朝鲜所获明军胜字号火炮射程有限，威力弱小，日军几无损伤，朝鲜军除弓箭连射之外，也多射发明军留下的震天雷还击。双方激射一日，日军退回。
李福南猜测道：“倭寇来势汹汹，不计代价，夜必偷袭。任铉、金敬老，你二人选派得力干将分在四门外立刻布置菱铁于濠外，作钉板暗埋于桥头。各将在城门附近待机，一旦敌寇轻进中计，立刻出击剿灭！”二人领命。
李春元问道：“兵使为何如此断定敌寇必会夜袭？倭寇兵力大我十倍，白昼强攻即可，何必多此一举？”
李福南答道：“敌寇志不在南原而在汉阳王京，所以绝不会在南原空耗时日，必会竭尽所能，昼夜相攻，以求早日攻下南原，而我们也只能日夜坚守待援，全力阻拦倭寇于南原城下。”
于是朝鲜军于战壕外遍植菱铁，在各桥头暗伏钉板，令各将入夜后率兵于城门待命。至二更时，日军先头分队潜向各门，遭钉板菱铁伏击，各路朝鲜军见状立刻出击掩杀。
李福南下令撤四门之桥，呐喊放炮，彻夜不绝。日军四散纵火，数里之内烟雾熏天，日军于烟雾之后连发火绳枪还击，半夜而还。
宇喜多秀家得知消息大怒：“时不我待，必须立刻拿下南原！督促各队连夜多造云梯，要五百架！明日填濠平路，出动箭楼各列铁炮队，务必将城门守兵全部射杀，一举攻入南原城内！”
小西行长劝道：“总大将不必如此愤怒，南原绝不会重演幸州之败，毕竟南原不过孤军顽抗，外无强援，一两日之内必将为我所有。”
岛津义弘献策道：“敌军主力仍在，南原仍非轻易可破。我闻朝鲜各军对壬辰之败颇为不服，认为我军是占了他们毫无防备的便宜，因此如今他们被迫困于城内，心中难免不甘。
由此我认为，可引诱敌军出城，当我们数次攻城之后，可故作疲惫不堪之状，尽显混乱而退，以使敌军认为有机可乘。同时，则派遣五千足轻，身覆黄土伏埋于地，若李福南麾下的朝鲜骑兵果然出动，则立刻围歼，如此敌军精锐尽失，南原唾手可得。”
宇喜多秀家诧异道：“这不是忍者之法么？岛津殿下，你怎么会想到用这种邪术来充当战法？身为武士，此举可不恰当。”