不过这里有个问题，有明一代赐尚方剑虽然不像过去历朝那样稀罕，但真正开始频繁赐予尚方剑并给予专杀之权，正是从万历朝始。再仔细一点，可以说正是从“万历三大征”开始。
如原历史上记载最为明确的赐尚方剑，就是从孛拜之乱时赐予魏学曾尚方剑。《神宗实录》的原文是这样的：“……并赐魏学曾尚方剑斩临阵不用命者以肃军法。上切责学曾讨贼数月未平，致虏助逆，威令不肃，诸将生玩其间，复有希功忌能观望之念。以方用兵，姑与更新，赐学曾剑一口，将帅不用命者军前斩首。”
之前多次说万历帝有个特点，就是一旦决定用人，给权方面绝不含糊，而且不会因为早期失利而动摇。除非此人拿着大权而长期办事不利，那才会引得皇帝震怒，然后该罢的罢，该杀的杀。
高务实以往出征也有获赐尚方剑的时候，但权限同样是被限制在武将之内，所以朝中文官没有表示什么不满，就像历史上平孛拜的魏学曾一般。
后来赐尚方剑就开始变多了，三大征时的文官主帅几乎全都被赐了尚方剑。如平杨应龙时的总督李化龙、朝鲜经略邢玠等都在其中。当然万历末年获赐尚方剑的大臣中最出名的大概是杨镐，由于这事过于出名，应该不必赘述。
不过万历朝赐尚方剑好歹都是真碰上了大事，要打大仗，需要调动多方兵马于一人麾下，因此赐尚方剑倒也好理解。然而事情发展到明末就有些不对劲了，尤其是圣天子崇祯帝，赐剑搞得跟赐大白菜似的，终于导致了一个直到后世都争论不休的事，便是袁崇焕杀毛文龙。
其实袁崇焕杀毛文龙这件事，本质上就是“尚方剑权限”的界定问题。换句话说，就是袁崇焕手里的尚方剑到底能不能杀毛文龙——问题不在于杀得对不对，而是能不能。
正是由于尚方剑的特权没有明文规定，因此事实上每一把下赐的尚方剑权力都不一定相同，具体要看皇帝圣旨中是怎么说的。
在袁崇焕杀毛文龙之前，能够看到记载的尚方剑特权大致区别不大。万历末年杨镐的尚方剑，一开始是有人为杨镐申请赐剑，当时官方记载的是“总兵以下不用命者得以军法从事”，不过皇帝对这次申请虽然批准，但后来赐予尚方宝剑时的授权说明则改为“将帅以下有不用命者先斩后奏”。
虽然前提都是“有不用命者”，但是范围从“总兵以下”改成了“将帅以下”，权利由“军法从事”改成了“先斩后奏”。杨镐的这一把尚方宝剑，在授予“先斩后奏”的权利，并指出“不用命者”这个前提时，还使用了好大一段文字，从当时的背景和君臣往复陈述来表明什么叫“不用命者”——事实上主要针对的是贪生怕死和做逃兵两类。
天启初年熊廷弼的尚方宝剑，官方记载的申请文字是“……甲辰上谕：阁臣请以经略尚书熊廷弼奉命专征，宜重事权，兼隆礼数，除专敕外加赐敕书一道，尚方剑一把，将士不用命者，副总兵而下先斩后奏”。
但是皇帝对这次申请批准后赐予尚方宝剑时的授权说明则改为“熊廷弼仍赐剑一口，将帅以下不用命者先斩后奏”。虽然前提依旧是“不用命者”这一点没有改变，但是授权范围则由申请时的“副总兵而下”改成了“将帅以下”。
袁应泰的那把，则多了一个可先斩后奏的前提。因为他是先向皇帝道过苦水，说人心散了队伍不好带。于是皇帝稍谕安慰，赐尚方宝剑说“将帅以下有违节制、不用命者先斩后奏”，依然包含“不用命”这个前提，但是多给了一个“有违节制”。
那么这里第一个问题来了，“将帅以下”到底是个什么范围？其实就是总兵以下——没见过哪位参将被人称作大帅吧？
毛文龙当然是总兵，而且不仅仅是总兵。总兵只是事职，更关键的是毛文龙的经制官已经做到头了——他是左都督，武将顶级。除此之外更吊诡的是，毛文龙自己也有一把尚方剑！
尚方剑对尚方剑，按说那不是一回事吗？然而真不是，文官袁崇焕请出尚方剑，当着毛文龙麾下一大批骄兵悍将的面，面色淡定地杀了他们的主帅。
全场没有人敢跳出来反对，甚至连毛文龙自己都没敢动，就这样任由袁崇焕生生斩了！
是不是有点背脊生寒？但是，这就是文官，就是法度未废时的文官。
文官杀武将如杀猪狗，朝廷诸公不会有什么异议，然而莫名其妙的是在袁崇焕上疏向朝廷报告此事并表示引罪之后，崇祯居然对这样的行为表示了认可：“……卿能周虑猝图，声罪正法，事关封疆安危，阃外原不中制，不必引罪。一切处置事宜遵照敕谕行，仍听相机行。”
杀得对不对，后人各有论断，但崇祯帝认为袁崇焕有这个权力杀，这算是官方定性。至于定性得准不准，导致了什么严重后果，其实都是题外话了。反正后来到了杨嗣昌去剿贼时，他干脆自己给自己定了规矩，说总兵“不用命”也不杀，只夺帅印以一副将代之——可见袁崇焕杀毛文龙捅了多大的篓子，造成多严重的影响，以至于另一位顶级文官要自己给自己限制权力。
众阁老历史精熟，各种制度乱熟于胸，都能从自己需要的立场来找到理由。
许次辅道：“前朝俱无此滥权者也，我朝何独之？”
吴阁老便道：“经略蒙元乃二祖列宗之所望，天下中兴在此一举，敢问前朝可有故事以拟耶？”
争到后来申时行终于打了圆场，一如既往地和稀泥道：“诸公各有其理，何不变通一二？我意督抚不用命者，立解其兵柄，简一监司代之；副使不用命，立摘其乌纱，简一属官代之；余者悉以尚方剑从事，如何？”
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