赵贞吉致仕这件事，发生在高务实刚刚离京不久，是由于叶梦熊等御史阻挠封贡，皇帝一怒之下提出今年的京察同时要考察科道，结果因为一点点阴差阳错，引起了赵贞吉的不满而最终闹大的，此事前文有述，不再赘言。
当时赵贞吉使人弹劾高拱，说他坚持考察科道是要为隆庆元年去职一事进行打击报复，高拱因为坚持要先把事情办妥再跟赵贞吉计较，强行压住了门下弟子们的反击。
待到考察事竣，吏科都给事中韩楫忍不住了，上疏论赵贞吉庸横，请罢之。赵贞吉疏辩，说韩楫是高拱私党，排击异己。
当时赵贞吉得知自己被韩楫弹劾，勃然大怒，上疏力辨说：“人臣庸则不能横，横非庸臣之所能也。往奉特旨，命臣兼掌都察院事，臣所以不敢致辞者，窃思皇上任高拱以内阁近臣而兼掌吏部，入参密勿，外主铨选，权任太重。虽无丞相之名，而有兼总之实，即古丞相亦不是过。此圣祖之所深戒，而垂之训典者。皇上委臣以纲纪弹压之司，与之并立，岂非欲以分其势而节其权耶？今且十月矣，仅以此考察一事与之相左耳。其他坏乱选法，纵肆大恶，昭然在人耳目者，尚禁口不能一言。有负任使如此，臣真庸臣也。
若拱者，可谓横也已。夫楫乃背公私党之人，而拱之门生，其腹心羽翼也。他日助成横臣之势，以至于摩天决海而不可制，然后快其心，于此已见其端矣……因请还拱内阁，勿再预吏部事。”
赵贞吉这是在自辩疏里弹劾高拱以大学士兼掌铨务有违祖制，那高拱就不得不自辩了，于是上疏说：
“夫考察科道，圣谕也，在上必有独见。岂皇上为此敕旨，故假臣以报复之地耶？又岂臣之力敢请乞皇上为此以遂其报复耶？此圣心所明，与臣何预？况今考察毕事久矣，曾否报复，其事具在，不惟在朝之人知之，四海之人皆知之矣，臣无庸辩也。至谓臣‘坏乱选法，纵肆大恶’，不知臣曾坏何法，纵肆何事？如其然，国家自有宪典，安所逃罪？如其不然，天下自有公论，安可厚诬？臣亦无庸辩也……乃今以韩楫之奏，遂反诋臣。夫使楫之奏果是为臣，则前给事中张卤、魏华明，御史王友贤、苏士润皆曾劾贞吉者，又何为乎？其理自明，臣亦无庸辩也。
至谓臣‘当复还内阁，不得久专大权’。夫身任重权，臣之所甚惧也。求谢事权以图保全，臣之所以日夜惓惓在念者，特恐有违圣托而不敢以为言也。今贞吉乃为臣言至此，则所以得免于颠危矣。但臣本庸劣，分当引退，不当但求解权而止，愿特赐罢免。”
高拱这道疏辩很有力道，大意是：
考察科道是皇帝的旨意，难道皇帝为了让我有机会“报复”所以特地下旨？至于你说我坏法、纵肆，请你举证，如果我真做过，自然有国法治我之罪，如果没有做过，天下人自有公论。你因为韩楫是我门生而弹劾了你，就反过来污蔑我，那我请问给事中张卤、魏华明，御史王友贤、苏士润等人都曾因此弹劾你，难道他们也是我的门生？
至于兼掌吏部，我也不想兼掌，实在是辞不掉啊，既然又被弹劾，那我继续请辞。而且，既然你觉得我权力太大，甚至“摩天决海而不可制”这么严重了，我干脆连大学士一起辞了，回家养老，这总行了吧？
然后高拱就按照大明惯例在家等待圣裁，不去内阁和吏部视事了。
事情到了这一步，相当于高拱以请辞来表明态度，皇帝就必须做出抉择了。
于是，隆庆的手诏下来了，一道给高拱，说：“卿辅政忠勤，掌铨公正，朕所眷倚，岂可引嫌求退？宜即出安心供职，不允辞。”
另一道给赵贞吉，“使贞吉归”——你辞职回家养老吧。
隆庆帝不是那种政治水平低下的小皇帝、呆皇帝，他心里自有一本账。隆庆四年高拱起复回京的时候，就辞“掌管吏部事”，说：“吏部统驭百僚，为天子平均四海。……至如臣者，岂其人哉？”