不过，中原世家的行为也彻底惹怒了张梁等人，此后，只要黄巾捉到了世家中人，不问缘由，尽皆屠之。一时间，中原世家势力再次大损，但这也更加剧了世家帮助朝廷平定黄巾的决心。
扬州之地，本来洪秀全的发展一切顺利，大军所过之处势如破竹，但却终于在吴郡之地遭遇了滑铁卢。
洪武帝朱元璋这一世的身份可比上一世强了无数倍，直接成了扬州朱家的嫡系长子，再加上洪武帝能力的不断展现，很快就被朱家家主当成了继承人培养。
扬州虽然在三国时期开发程度尚且较差，相比长江以北几州之地略显荒凉。但朱家作为江东四大家族之一，实力自然是有的。因此，洪武帝这一世的起家资本比起前一世可谓是天壤之别。
而朱无璋虽然野心勃勃，也寄希望于让黄巾将大汉底蕴尽数消耗一空，而为自己未来成事创造机会，因而也曾暗中帮助黄巾。
但其身为世家子弟，自然也是与黄巾处于天然的对立面的。因此，时机差不多之时，朱元璋就已经决定起兵响应朝廷对抗黄巾了。
一方面，如今大汉最后一丝元气已经被消耗的差不多了，对于朱元璋来说，黄巾已经失去了利用价值。而另一方面，则是黄巾的表现有些令人震惊了，朱元璋也有些担心黄巾真能逆天成事了。
不过，朱元璋才刚刚组成一支义军，准备好出兵事宜，但朱元璋还未来得及出发，洪秀全便是率先一步造反，先是自立天王，肆意攻占郡县。而紧接着，洪秀全更是派出石达开攻略吴郡。
石达开身为太平天国时期，数一数二的大将，其能力自然不俗，自然明白狮子搏兔，亦用全力的道理。一路上，对付任何抵抗势力，皆是全力以赴，不敢有丝毫大意。但主将谨慎，可不代表
太平军自起兵之后，一路连战连捷，早已成为一支骄兵。而上至将领，下至底层士卒，更是不将扬州任何抵抗势力看在眼里。
石达开自领五万大军攻略吴郡，却不曾想才刚刚进入吴郡，就已经收到了前锋八千人马尽皆覆没的消息。好不容易重振军心，却不曾想朱元璋可不是简单之人，纵使石达开兵力雄厚，一时间也是久战不下，有时候甚至还要被朱元璋抓住机会小败一场。
荆州北部，以张曼成为首的南路黄巾军在彻底攻占南阳之后，一面派出人马进军襄阳，而另一面张曼成则亲自领军进攻轩辕关，意欲直接威胁大汉帝都洛阳。
却不曾想，张曼成两路出兵，却两路尽皆不顺。先是进军襄阳的人马被新任荆州牧刘表死死挡在新野之外，进退不得。
而张曼成自己则对上了被汉灵帝派来防守轩辕关的前并州刺史丁原。结果张曼成才刚刚赶到轩辕关下，就大败一阵。大将赵弘、韩忠更是被吕布二箭射杀。
荆南之地，项燕在彻底将零陵郡消化之后，听从范增的建议，也是开始向荆南其他三郡之地扩张。
而此时的荆州牧刘表却仍在荆北对抗黄巾，根本就顾不上荆南之地。一时间，武陵、长沙、桂阳三郡之地皆是危在旦夕。